在 SLURM 作业脚本中设置和传递字符串变量

Question

我有一个 SLURM 作业脚本如下：

#!/bin/bash


#SBATCH -o ./out/%x.%j.%N.out
#SBATCH -e ./out/%x.%j.%N.err
#SBATCH -D ./
#SBATCH -J matlab_serial_batch_job
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --tasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --time=0:30:00
 

module load slurm_setup
module load matlab/R2021a-generic
 

NROWA=1000
NCOLA=2000
NROWB=2000
NCOLB=5000
MYSTRING='blablabla'
 

# Run MATLAB
matlab -nodisplay -singleCompThread \
       -r "matmul_serial([$NROWA $NCOLA], [$NROWB $NCOLB], $MYSTRING);"

如您所见，我想设置一个名为 MYSTRING 的字符串变量并将其传递给 MATLAB 函数 matmul_serial。但是，我收到以下错误：

Unrecognized function or variable 'blablabla'

对于那些整数变量 NROWA、NROWB、NCOLA 和 NCOLB，它们工作得很好。如何在此上下文中正确设置和传递字符串变量 MYSTRING？

Answer 1

实际上，在赋值过程中，单引号会被 Bash 分割。

❯ MYSTRING='blablabla'
❯ echo $MYSTRING
blablabla

您可以尝试像这样转义引号：

❯ MYSTRING=\'blablabla\'
❯ echo $MYSTRING
'blablabla'

否则，Matlab 会错误地认为 blablabla 是变量或函数的名称，而不是字符串文字。该错误消息具有误导性，因为它在 blablabla 周围添加了一个单引号。但是这些单引号不是您在 MYSTRING=... 作业中插入的引号，如下面的交互式 Matlab 会话所示。

$ matlab
MATLAB is selecting SOFTWARE OPENGL rendering.

                                                                            < M A T L A B (R) >
                                                                  Copyright 1984-2019 The MathWorks, Inc.
                                                                  R2019a (9.6.0.1072779) 64-bit (glnxa64)
                                                                               March 8, 2019


To get started, type doc.
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>> blablabla
Undefined function or variable 'blablabla'.

在 SLURM 作业脚本中设置和传递字符串变量

Setting and passing string variable in SLURM job script

linux

cluster-computing

job-scheduling

slurm

script