脚本中的库在直接调用 render 时会干扰 Rmd

Question

假设我有以下 Rmd 文件，名为 render-issues.Rmd:

---
title: "Render Issues"
output: html_document
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```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

```{r lib}
library(dplyr)
```

```{r clash}
mtcars %>% summarize(n = n())
```

在 R-Studio 中按下 knit 按钮时，一切正常。

如果我尝试“手动”呈现此文档，即通过在脚本中调用 rmarkdown::render，我可能会失败：

library(dplyr)
library(rmarkdown)
library(Hmisc) ## note the conflict of summarize

render("render_issues.Rmd")

这不会呈现，因为 summarize 现在指的是 Hmisc::summarize。

因此，我想我可以提供 envir 以确保我的 Rmd 文件不会被渲染脚本中的库干扰

### Use `parent` to simulate a fresh R session with the 
### standard libs loaded
render("render_issues.Rmd", 
       envir = new.env(parent = as.environment("package:stats")))

但是，这也不起作用，因为现在 dplyr 没有（重新）加载，因此无法找到函数。显然，library 会检查整个搜索路径，而不管我的环境选择如何。

那么从脚本呈现报告的规范方式是什么？总的来说，我希望渲染过程完全不受调用脚本的干扰。如突出显示的那样，是生成新 R 会话的唯一解决方案吗？

Answer 1

是的，规范的方法是生成一个新的 R 会话。

您也可以玩 whack-a-mole 并一次解决一个冲突，方法是将

summarize <- dplyr::summarize

以及各个 Rmd 文件（或脚本）中的类似修正，但我建议在干净的会话中使用运行。 bookdown 章节中列出的方法不是唯一的方法，您可以使用基本 R 函数来执行此操作，例如

system("Rscript -e \"rmarkdown::render('render_issues.Rmd')\"")

（如果你不止一次调用它，我可能会把它放在一个函数中）。

脚本中的库在直接调用 render 时会干扰 Rmd

Libraries in script interfere with Rmd when calling render directly

r

knitr

r-markdown