有没有办法用 DeepVirFinder 修复这个错误代码？

Question

我会尽力提供帮助，但这肯定有点超出我的能力范围。

我正在尝试运行在我的 Mac 终端中的 fasta 文件 'my_seqs.fa' 上的宏基因组包 'DeepVirFinder'。我已按照 GitHub 存储库说明进行操作（可在此处找到 https://github.com/jessieren/DeepVirFinder）。我已经创建了一个包含所有必要包的 conda 环境。

在我的终端里输入了

python dvf.py -i ~/Documents/PairwiseANI/my_seqs.fna -o ~/Documents/DeepVirFinder/ -l 1000 -c 2

这收到一个输出错误

Using Theano backend.
1. Loading Models.
   model directory /data2/joshcole/DeepVirFinder/models
Traceback (most recent call last):
  File "dvf.py", line 131, in <module>
    modDict[contigLengthk] = load_model(os.path.join(modDir, modName))
  File "/home/ggb_joshcole/miniconda3/envs/dvf/lib/python3.6/site-packages/keras/engine/saving.py", line 419, in load_model
    model = _deserialize_model(f, custom_objects, compile)
  File "/home/ggb_joshcole/miniconda3/envs/dvf/lib/python3.6/site-packages/keras/engine/saving.py", line 224, in _deserialize_model
    model_config = json.loads(model_config.decode('utf-8'))
AttributeError: 'str' object has no attribute 'decode'

从 GitHub 存储库中，它应该 return 在成功运行后（使用示例模板名称）如下：

Using Theano backend.
1. Loading Models.
   model directory /auto/cmb-panasas2/renj/software/DeepVirFinder/models
2. Encoding and Predicting Sequences.
   processing line 1
   processing line 1389
3. Done. Thank you for using DeepVirFinder.
   output in ./test/crAssphage.fa_gt300bp_dvfpred.txt

如能提供有关如何修复此错误的任何帮助，我们将不胜感激。我尝试下载并尝试使用潜在的 conda 修复程序，但它似乎不是任何依赖项的问题 + python 完全是最新的。

感谢阅读

Answer 1

抱歉 - 我发现这是 h5py 和 tensorflow 之间的错误。必须将 h5py 降级到 2.10.0。

有没有办法用 DeepVirFinder 修复这个错误代码？

Is there a way to fix this error code with DeepVirFinder?

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