如何防止 TraMineR 状态分布图 (seqdplot) 删除缺失状态

Question

我正在分析一些序列数据，希望能够在我的所有序列图中看到缺失的状态。但是，我注意到 TraMineR 的状态分布图函数 seqdplot 会自动删除缺失的序列状态。我在下面包含了一个可重现的例子。如您所见，缺失数据在序列索引图 seqIplot 的图和图例中可见。但是，它会自动从状态分布图中删除 seqdplot.

如何阻止 seqdplot 删除这些缺失值？

创建和格式化数据

# Import required libraries
library(TraMineR)
library(tidyverse)

# Set seed for reproducibility
set.seed(123)

# Read in TraMineR sample data
data(mvad)

# For loop which generates missing data within the sequences
for (col in 17:86) {
  mvad[sample(1:nrow(mvad),(round(nrow(mvad)*0.1))),col] <- NA
}

# Create sequence object
mvad.seq <- seqdef(mvad[, 17:86])

序列索引图（缺失数据可见）

# Create sequence index plot
seqIplot(mvad.seq, sortv = "from.start", with.legend = "right")

状态分布图（删除缺失数据）

# Create state distribution plot
seqdplot(mvad.seq, sortv = "from.start", with.legend = "right")

Answer 1

要显示缺失值，只需使用参数 with.missing=TRUE

seqdplot(mvad.seq, sortv = "from.start", with.legend = "right",
         with.missing=TRUE, border=NA)

默认情况下，seqdef 将右边的缺失设置为空白，即，它假定序列在最后一个有效状态结束。如果您还想将（显示）正确的缺失视为缺失标记，请在 seqdef 命令中设置 right=NA（默认情况下为 right="DEL"）：

mvad.seq <- seqdef(mvad[, 17:86], right=NA)

如何防止 TraMineR 状态分布图 (seqdplot) 删除缺失状态

How to prevent TraMineR state distribution plot (seqdplot) from removing missing states

r

sequence

missing-data

traminer