bedtools 安装问题

Question

我是 bash 编程的新手，从来没有在我的电脑上安装过工具。

我正在尝试安装 bedtools 但没有成功

我在终端上输入了以下命令

wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.29.1/bedtools-2.29.1.tar.gz
tar -zxvf bedtools-2.29.1.tar.gz
cd bedtools2
make

看来这些步骤一切都很好然后为了将它添加到我输入的路径中：

echo 'export PATH="$PATH:/Users/avitrac/my_bin/bedtools2"' >> ~/.bash_profile

但是当我测试一些基本命令（例如 bedtools -h）时，它说找不到 bedtools 命令。

我觉得 echo 步骤或我的 bash_profil 有问题。我试着按照我在网上阅读的说明进行操作，但我觉得我可能犯了一些错误。

有人可以帮助我吗？我不明白哪里出了问题以及如何解决它！

Answer 1

您似乎不小心将程序下载并编译到了 my_bin 目录下。这会造成一些潜在的混淆，所以我建议运行来自临时目录的 wget 和 make 命令，例如 /tmp 或下面的 tmp 目录你的主目录。因此，编译后的二进制文件现在位于 /Users/avitrac/my_bin/bedtools2/bin 下。我建议将该目录移动到 my_bin 目录之外，也许移动到 ~/tmp 目录；然后您可以直接跳到下面的第 5 步。

（您可以将它留在那里并简单地 cp /Users/avitrac/my_bin/bedtools2/bin/bedtools ~/my_bin，但这会毫无理由地将源代码和编译工件留在您的 bin 目录下）。

mkdir ~/tmp ## 如果需要
cd ~/tmp
wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.29.1/bedtools-2.29.1.tar.gz
make
cp bin/bedtools ~/my_bin/

bedtools-2.29.1.tar.gz 文件和bedtools2 目录现在都可以删除了。 "Compiling from source via Github" 说明掩盖了这个（相当典型的）use-case 并省略了在临时位置构建程序的明确说明。

bedtools 安装问题

Problems with bedtools installation

bash

installation

bedtools