如何编写没有输出的 Snakemake 规则？

Question

我的 Snakefile 有一个 print_to_screen 规则 没有明确的输出文件 。以下是一个简化的例子：

rule all:
    placeholder_output  # What should I put here?

rule create_file:
    output:
        "file.txt"
    shell:
        "echo Hello World! > {output}"

rule print_to_screen:   # This rule has no output
    input:
        "file.txt"
    shell:
        "cat {input}"

如何编写print_to_screen规则，使其触发其他规则，意思是：

可以作为其他规则的输入，所以运行snakemake {placeholder_output}也会触发前面的规则create_file?
它可以包含在rule all中，所以运行 snakemake触发所有规则？

Answer 1

规则的 output 部分是可选的，但您需要将其设为第一条规则（在 Snakefile 中将其定义为第一条）才能生效：

rule print_to_screen:
    input:
        "file.txt"
    shell:
        "cat {input}"

rule create_file:
    output:
        "file.txt"
    shell:
        "echo Hello World! > {output}"

如果您需要一些灵活性（例如您有多个这样的规则），您应该使用 flags.

如何编写没有输出的 Snakemake 规则？

How to write a Snakemake rule with no output?

snakemake