R 闪亮，上传文件 doc/PDF 和运行函数，输出问题

Question

这是我第一次使用和探索 R shiny。这个过程看起来非常简单，但我在将所有内容顺利运行时遇到了一些困难。

我正在尝试构建一个允许用户上传 word 文档、PDF 或其他文本文件的应用程序（如果还有直接粘贴文本而不是上传文件的选项会很棒），然后一个函数将运行放在文件或粘贴的文本上，这将导致 returned 文本列表。

我的代码在不使用 R shiny 时工作正常：

    library(dplyr)
    library(stringr)
    library(readtext)
    library(XML)
    library(here)

### option to manually paste in text to use instead of uploading file:    
        text <- "This is a test. The purpose of the below function is to extract and return and in-text cictations with the following formats:(Smith, 2010), and (Smith 2010; Jones, 2001; Brown 2020), or Cooper (2015), or John Granger et al. (2015), and (Brown and Green 2004)."
    
    ######Option to read in word doc######
    wordtest<-readtext(here("Example.docx"))
    text<-wordtest$text
    
    ######Option to read in PDF file######
    PDFtest<-readtext("Example2.pdf")
    text<-PDFtest$text
    
    ##Return citations alphabetically:
    rx <- "(?:\b(\p{Lu}\w*(?:\s+\p{Lu}\w*)*(?:\s+et\s+al\.)?)?)\s*\(([^()]*\d{4})\)"
    res <- str_match_all(text, rx)
    result <- lapply(res, function(z) {ifelse(!is.na(z[,2]) & str_detect(z[,3],"^\d+$"), paste(trimws(z[,2]),  trimws(z[,3])), z[,3])})    
    sort(unique(unlist(sapply(result, function(z) strsplit(paste(z, collapse=";"), "\s*;\s*")))))

运行此代码的结果如下：

[1] "Brown 2020"               "Brown and Green 2004"     "Cooper 2015"              "John Granger et al. 2015"
[5] "Jones, 2001"              "Smith 2010"

我想运行在一个 R shiny 应用程序上运行具有相同功能的相同过程，用户可以上传包含此类文本的文件或直接粘贴文本，它会 return同样的结果。

这是我现在的应用程序：

# Load R packages
library(shiny)
library(shinythemes)
library(dplyr)
library(stringr)
library(readtext)
library(XML)
library(data.table)

# Define UI
ui <- fluidPage(theme = shinytheme("cerulean"),
                navbarPage(
                  theme = "cerulean",  # <--- To use a theme, uncomment this
                  "Extracting in-text citations app", #app title
                  tabPanel("Alphabetical Order",      # tab title
                           sidebarPanel(
                             # Input: Select a file ----
                             fileInput(inputId ="text", "Choose File",
                                       multiple = FALSE,
                                       accept = c("text/plain",".doc",".docx",".pdf")),
                             p("Accepted Files: .doc, .docx, .pdf, text/plain"),
                            ), # sidebarPanel
                                  mainPanel(
                                        h1("Output"),
                             
                                        h4("List of citations in Alphabetical Order"),
                                        verbatimTextOutput("txtout"),
                             
                                  ) # mainPanel
                         
                  ), # Navbar 1, tabPanel
                  tabPanel("Chronological Order", "This panel is intentionally left blank"),
                  
                  
                ) # navbarPage
) # fluidPage

#Define Server:
server<- function (input,output){
  
  output$txtout<-renderPrint({

    wordtest<-readtext(input$text)
    text2<-wordtest$text
  rx <- "(?:\b(\p{Lu}\w*(?:\s+\p{Lu}\w*)*(?:\s+et\s+al\.)?)?)\s*\(([^()]*\d{4})\)"
  res <- str_match_all(text2, rx)
  result <- lapply(res, function(z) {ifelse(!is.na(z[,2]) & str_detect(z[,3],"^\d+$"), paste(trimws(z[,2]),  trimws(z[,3])), z[,3])})    
  return(sort(unique(unlist(sapply(result, function(z) strsplit(paste(z, collapse=";"), "\s*;\s*"))))))
  
  })
}


# Create Shiny object
shinyApp(ui = ui, server = server)

我可以让应用程序运行（打开），但是当我去上传文件时，没有任何反应，或者我得到以下错误：“文件必须是一个字符（指定文件位置（ s))."

正如我所说，我对 R shiny 很陌生，所以任何见解都会有所帮助，谢谢！

Answer 1

fileInput 不直接 return filename/path。

它 return 是一个包含 name 、size、type 和 datapath 的数据帧。

您可能想要的是 datapath，所以试试这个。

file <- input$text

wordtest<-readtext(file$datapath)

R 闪亮，上传文件 doc/PDF 和 运行 函数，输出问题

R shiny, upload word doc/PDF and run function on uploaded document, Output issues

r

output

shiny

R 闪亮，上传文件 doc/PDF 和运行函数，输出问题