如何根据父目录为子目录中的多个文件添加后缀？

Question

我有 100 多个目录如下：

bins_copy]$ ls

bin.1/  
bin.112/  
bin.126/  
bin.24/  
bin.38/

等等等

这些目录中的每一个都包含两个文件名 genes.faa 和 genes.gff，例如bin.1/genes.faa

我现在想根据父目录添加一个后缀，这样每个基因文件都有一个唯一的标识符，例如bin.1/bin1_genes.faa 和 bin1_genes.gff.

我整个上午都在探索 google 兔子洞，到目前为止没有任何效果。我试过这样的事情：

for each in ./bin.*/genes.faa ; mv genes.faa ${bin%-*}_genes.faa $each ; done

但是那个（以及它的几个版本）给我以下错误：

-bash: syntax error near unexpected token `mv'

由于这是一个非常通用的问题，我还没有弄清楚，非常感谢您的帮助。

干杯/

Answer 1

可能有更优雅的方法来执行此操作，但在与 bin 目录相同的目录中创建此脚本，chmod 700 和运行。你可能想先用 tar 备份 (tar -cf bin.tar ./bin*)

#!/bin/bash
files="bin.*"
for f in $files; do
        mv ./${f}/genes.faa ./${f}/${f}_genes.faa
        mv ./${f}/genes.gff ./${f}/{$f}_genes.gff
done

Answer 2

试试这个 Shellcheck-干净的代码：

#! /bin/bash -p

for genespath in bin.*/genes.*; do
    dir=${genespath%/*}
    dirnum=${dir##*.}
    genesfile=${genespath##*/}
    new_genespath="$dir/bin${dirnum}_${genesfile}"
    echo mv -iv -- "$genespath" "$new_genespath"
done

它目前只打印所需的 mv 命令。确认 echo 可以满足您的要求后，请将其删除。

如何根据父目录为子目录中的多个文件添加后缀？

How to add suffix to multiple files in subdirectories based on parent directory?

bash

batch-rename

suffix