SHACL SPARQLTarget 未验证 SPARQL 查询输出节点

Question

我有一个带有 sh:SPARQLTarget 的 NodeShape。我尝试在 ontology 编辑器中运行 Target SPARQL 查询并提供了结果，但是当我在 sh:select 中的自定义目标节点形状中执行相同的查询时，它不会t 验证 SPARQL 查询返回的目标节点。我正在使用 pySHACL。我做错什么了吗？我没主意了。这是我的节点形状和数据图：

我在 sh:select 中使用了“”而不是“”“”，因为我在我的 python 代码中将 shapes_graph 定义为变量并且它已经编码为“”“”“”。我还在 pyShacl 中启用了 meta_shacl=True 以确保我的 shapes_graph 有效。此外，nodeShape (snomed:dob363698007Shape) 在提供普通 TargetClass 或 TargetNode 时也能正常工作。我错过了什么？

我已经提到了

**NodeShape**

snomed: 
    sh:declare [
        sh:prefix "snomed" ;
        sh:namespace <http://localhost:8890/snomed/> ; 
    ] .
    
snomed:dob363698007Shape
    a sh:NodeShape ;
    sh:target [
        a sh:SPARQLTarget ;
        sh:prefixes snomed: ;
        sh:select "SELECT ?this WHERE { ?node a snomed:24078009.?node a snomed:dob .?node snomed:609096000 ?this.?this a  snomed:dob363698007 .bind(?node as ?conceptName).bind(?this as ?RGName) .FILTER(REGEX(strafter(xsd:string(?RGName),'snomed/'),strafter(xsd:string(?conceptName),'snomed/')) ).}";
        ] ;
    sh:property [
        sh:path snomed:363698007;
        sh:minCount 1;
    ].```

**Data Graph**

```snomed:dob a rdfs:Class,snomed:dob ;
       rdfs:label "Semantic Pattern dob"^^xsd:string ;
        snomed:609096000 snomed:dob363698007 .

    snomed:dob363698007 a rdfs:Class,snomed:dob363698007;
       snomed:363698007 snomed:123037004 .  

    
    snomed:24078009 a rdfs:Class, snomed:24078009, snomed:dob;
        rdfs:label "Gangosa of yaws (disorder)"^^xsd:string ;
        snomed:609096000 snomed:24078009_3,snomed:24078009_5,snomed:24078009_6;
        rdfs:subClassOf snomed:128349005,
            snomed:140004,
            snomed:177010002,
            snomed:312118003,
            snomed:312129004,
            snomed:312422001,
            snomed:363166002,
            snomed:47841006,
            snomed:88037009 .

    snomed:24078009_3 a rdfs:Class, snomed:24078009_3, snomed:dob363698007 ;
        snomed:263502005 snomed:90734009 .

    snomed:24078009_5 a rdfs:Class, snomed:24078009_5,snomed:dob363698007;
        snomed:116676008 snomed:110435003 ;
        snomed:246075003 snomed:6246005 ;
        snomed:363698007 snomed:71836000 ;
        snomed:370135005 snomed:441862004 .

    snomed:24078009_6 a rdfs:Class, snomed:24078009_6,snomed:dob363698007 ;
        snomed:116676008 snomed:110435003 ;
        snomed:246075003 snomed:6246005 ;
        snomed:363698007 snomed:72914001 ;
        snomed:370135005 snomed:441862004 .

Answer 1

我已将您的 shacl 形状文件和数据图放入 PySHACL 中以隔离您遇到的问题。

我发现您的设置有两个问题。

首先，SPARQL-Based Targets is a feature from the SHACL Advanced Specification。 PySHACL 默认不启用 Advanced-Spec 功能。您可以通过将 advanced=True 传递给验证模块或在命令行工具上传递 -a 或 --advanced 来启用“高级模式”。

这是您的 SPARQL 目标未选择您期望的节点的主要原因。

接下来，启用高级模式后，您将看到 PySHACL 在加载 SHACL Shape Graph 时失败。那是因为你的前缀命名空间没有正确声明。

参见 SPARQL-Prefixes section of the Spec document 中的示例。规范规定

"The values of sh:namespace are literals of datatype xsd:anyURI."

您的 sh:namespace 是一个 URIRef，而不是文字。将命名空间声明更改为以下内容，修复了错误。

sh:namespace "http://localhost:8890/snomed/"^^xsd:anyURI ;

我已经运行 PySHACL 修正了形状图，它按预期工作。

有关完整的工作示例，请参阅此代码：https://gist.github.com/ashleysommer/a319beeef33973906b76711675b2635c

SHACL SPARQLTarget 未验证 SPARQL 查询输出节点

SHACL SPARQLTarget not validating the SPARQL query output nodes

sparql

snomed-ct

shacl