在 R 中使用 lapply 进行费舍尔精确检验时如何编辑输出中的数据名称？

Question

我正在尝试运行使用 lapply 对我的数据进行一系列 Fisher 精确检验，想知道是否可以在输出中指定数据名称。

这是我当前的代码：

vars <- c('xvar1', 'xvar2', 'xvar3')
lapply(vars, function(i) {fisher.test(dataframe[[i]], dataframe$yvar)})

这会产生我正在寻找的输出，但输出中的数据名称是“dataframe[[i]] and dataframe$yvar”。有没有办法让它变成“dataframe$xvar1 和 dataframe$yvar”？

我知道当运行使用 ctables 计算卡方时，您可以使用 dnn 参数（下面的示例）来执行此操作，但尚未找到适用于费雪检验的等效参数。

ctables <- lapply(vars, function(i) {ctable(dataframe[[i]], dataframe$yvar, chisq=T, useNA='no', dnn=c(i,'yvar'))})

谢谢！

Answer 1

我不确定您的目标是什么。最有可能的是，您想从 Fisher 测试结果对象中提取结果（即 p-values）并将它们作为列表或数据框使用。

要做到这一点，请查看帮助：?fisher.test。如果向下滚动到值部分，您会看到它实际上是 returns 一个列表。虽然它有一个特殊的 class 使其以特殊方式打印出来，但它仍然是一个列表，我们可以像在任何其他列表中一样按名称访问列表元素。

x <- fisher.test(iris$Petal.Length, iris$Sepal.Width, simulate.p.value = T)
x$p.value
[1] 0.04797601

在你的情况下，如果你只想获得 p.values 的列表，你只需从应用函数中的对象中提取它：

# To get a list of p.values
lapply(vars, function(i) {
    res <- fisher.test(dataframe[[i]], dataframe$yvar)
    return(res$p.value)
})

# To get a full data frame
tbl <- lapply(vars, function(i) {
    res <- fisher.test(dataframe[[i]], dataframe$yvar)
    df <- data.frame(var = i,
                     p = res$p.value)
    return(df)
})

# Convert to data.frame in baseR
as.data.frame(t(sapply(tbl, rbind)))

# Convert to data.frame in tidyverse
dplyr::bind_rows(tbl)

如果您真的想保留默认输出，只显示更正后的 data 值，您可以手动编辑结果对象：

x <- fisher.test(iris$Petal.Length, iris$Sepal.Width, simulate.p.value = T)
x

    Fisher's Exact Test for Count Data with simulated p-value
    (based on 2000 replicates)

data:  iris$Petal.Length and iris$Sepal.Width
p-value = 0.04798
alternative hypothesis: two.sided

如您所见，数据值基于我们放入测试中的内容。不过，我们可以将其编辑为我们想要的任何内容，并且它将在默认打印中显示该输出：

x$data.name <- 'cat'
x

    Fisher's Exact Test for Count Data with simulated p-value
    (based on 2000 replicates)

data:  cat
p-value = 0.04798
alternative hypothesis: two.sided

在您的具体示例中，您的代码将如下所示：

lapply(vars, function(i) {
    res <- fisher.test(dataframe[[i]], dataframe$yvar)
    res$data.name <- paste0("dataframe$", i, " and dataframe$yvar")
    return(res)
})

在 R 中使用 lapply 进行费舍尔精确检验时如何编辑输出中的数据名称？

How to edit data name in output when using lapply for fisher's exact test in R?

r

lapply