xarray assign_coords 无法设置新坐标

Question

我有一个 NetCDF 文件并尝试使用 xarray 读取一个变量（没有属性和坐标），然后为其分配新的属性和坐标。这是我的 python 代码：

#--- Import packages:
import numpy as np
import xarray as xr

#--- Read in data:
fin  = xr.open_dataset("sample.nc")
tsk  = fin.wrfout_tsk_tavg
xlat = fin.latitude
xlon = fin.longitude

#--- Setting new attributes and coordinates:
tsk.attrs['units'] = 'K'
tsk.assign_coords(lat=xlat, lon=xlon)

在NetCDF文件中，tsk、xlat、xlon变量都有相同大小（二维数组）。现在tsk有属性了，但是还是没有坐标。难道我做错了什么？没有错误。

Answer 1

我认为你应该说明 tsk.wrfout_tsk_tavg 是一个具有坐标纬度和经度的变量。从头开始创建数据集应该可以解决问题：

ds = xr.Dataset(
    data_vars=dict(
        wrfout_tsk_tavg=["lon", "lat"], fin.wrfout_tsk_tavg)),
    coords=dict(lon=(["lon", "lat"], fin.longitude),
        lat=(["lon", "lat"], fin.latitude)))

Answer 2

assign_coords 不是 in-place 操作

来自 xarray.DataArray.assign_coords 文档：

Returns a new object with all the original data in addition to the new coordinates.

所以你需要：

tsk = tsk.assign_coords(lat=xlat, lon=xlon)

Answer 3

是您所述问题的直接解决方案。

作为使用 assign_coords 的替代方法 - 看来您拥有的数据集的维度没有坐标 (lat, lon)，non-indexing 坐标 xlat (lat) 和 xlon (lon) 给出实际的 lat/lon 值。这是读取 netCDF 数据时非常常见的情况。

我想你的数据看起来像这样：

In [3]: ds = xr.Dataset(
   ...:     {'wrfout_tsk_tavg': (('lat', 'lon'), np.random.random((4, 8)))},
   ...:     coords={
   ...:         'xlat': (('lat', ), np.arange(23, 27)),
   ...:         'xlon': (('lon', ), np.arange(-110, -102)),
   ...:     },
   ...: )

In [4]: ds
Out[4]:
<xarray.Dataset>
Dimensions:          (lat: 4, lon: 8)
Coordinates:
    xlat             (lat) int64 23 24 25 26
    xlon             (lon) int64 -110 -109 -108 -107 -106 -105 -104 -103
Dimensions without coordinates: lat, lon
Data variables:
    wrfout_tsk_tavg  (lat, lon) float64 0.4214 0.5839 0.6675 ... 0.4333 0.4409

您可以使用 xr.DataArray.swap_dims or xr.Dataset.swap_dims 在索引和具有相同维度的 non-indexing 坐标之间切换。你的情况：


In [5]: ds = ds.swap_dims({"lat": "xlat", "lon": "xlon"})
   ...: ds
Out[5]:
<xarray.Dataset>
Dimensions:          (xlat: 4, xlon: 8)
Coordinates:
  * xlat             (xlat) int64 23 24 25 26
  * xlon             (xlon) int64 -110 -109 -108 -107 -106 -105 -104 -103
Data variables:
    wrfout_tsk_tavg  (xlat, xlon) float64 0.4214 0.5839 0.6675 ... 0.4333 0.4409

xarray assign_coords 无法设置新坐标

xarray assign_coords does not work to set new coordinates

netcdf

python-xarray