在嵌入式 vegan:cca 中找不到数据对象。范围问题？

Question

我尝试将包 vegan（版本 2.5-7，R 4.1.2）中的 cca（以及 capscale）嵌入到另一个函数中通过一些数据转换测试分析管道，然后改变模型公式。使用的数据矩阵（例如 bio 和 env）可以有不同的名称，并且通常在全局工作 space 中不可见。我得到的错误是：

Error in eval(match.call()$data, environment(formula), enclos = .GlobalEnv) : 
object 'env' not found

这看起来像是一个范围界定问题。环顾四周，似乎 vegan 过去在范围界定方面存在一些问题 said to be fixed，所以我想知道我是否忽略了什么。也欢迎任何解决方法，例如环境操纵。

library("vegan")

## create some example data
set.seed(123)
bio <- matrix(sample(0:10, 50, replace = TRUE), nrow = 10)
env <- data.frame(
  x = sample(1:10, 10),
  y = 1:10 + rnorm(10),
  z = rnorm(10)
)
cca(bio ~ x + y, data = env) # works

## enclose cca with some other stuff in a function
foo <- function(model, bio, env) {
  ## do preparatory data transformation
  fm <- cca(model, data = env)
  print(fm)
  ## do something else
}

model <- formula(bio ~ x + y) # works
foo(model, bio=bio, env=env)

## now rename data to test scoping
bio2 <- bio
env2 <- env
rm(bio, env)

foo(model, bio = bio2, env = env2) # error
# Error in eval(match.call()$data, environment(formula), enclos = .GlobalEnv) :
# object 'env' not found

Answer 1

是的，看起来是一个范围界定问题。我认为关键是更新函数内公式的环境：

foo <- function(model, bio, env) {
  # update model environment
  environment(model) = environment()
  ## do preparatory data transformation
  fm <- cca(model, data = env)
  print(fm)
  ## do something else
}

在嵌入式 vegan:cca 中找不到数据对象。范围问题？

Data objects not found in embedded vegan:cca. Scoping issue?

r

scoping

vegan