使用 table.read 在 R 中导入时出现问题

Question

我相信这应该是一个简单的问题，但我似乎找不到我做错了什么？我正在导入一个 .txt 文件，它已被正确解析，但是，我无法以字符串形式访问数据框中每个单元格的内容。我希望将它们作为字符串的原因是因为 id 喜欢制作一个包含所有值的数组。

我添加了下面的代码以使用完全相同的数据集重现该问题。

data <-read.delim('https://acfdata.coworks.be/cancerdrugsdb.txt',header = TRUE)
data$Targets[1]

结果：

'CDK6; CDK4; CCND1; CCND3; CDKN2A; NRAS; CCND2; SMARCA4; KRAS'

class(data$Targets[1])
'character'

想要的结果

class(data$Targets[1]) = string

我试过用各种函数导入，也试过toString()函数，但它仍然是一个字符。再一次，也许有不同的方法来做到这一点，但没有字符串我不能分开

'CDK6; CDK4; CCND1; CCND3; CDKN2A; NRAS; CCND2; SMARCA4; KRAS'

'CDK6, CDK4, CCND1, CCND3, CDKN2A, NRAS, CCND2, SMARCA4, KRAS'

不胜感激。

最终，我想要多个数组，每行有一个条目。

再次感谢。

Answer 1

您是否尝试将“目标”列'split' 转换为单独的值？即

library(tidyverse)

data <-read.delim('https://acfdata.coworks.be/cancerdrugsdb.txt',header = TRUE)

max_number_of_fields <- data %>%
  mutate(Targets = str_count(string = Targets, pattern = ";")) %>%
  summarise(fields = max(Targets, na.rm = TRUE))
max_number_of_fields$fields
#> [1] 68

long_df <- data %>%
  relocate(Targets, .after = last_col()) %>%
  separate(Targets, into = paste0("Target_", 1:(max_number_of_fields$fields + 1))) %>%
  pivot_longer(-c(1:14),
               values_to = "Targets") %>%
  filter(!is.na(Targets)) %>%
  select(-name)
#> Warning: Expected 69 pieces. Missing pieces filled with `NA` in 283 rows [1, 2,
#> 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, ...].

select(long_df, c(Product, Targets))
#> # A tibble: 2,923 × 2
#>    Product     Targets
#>    <chr>       <chr>  
#>  1 Abemaciclib CDK6   
#>  2 Abemaciclib CDK4   
#>  3 Abemaciclib CCND1  
#>  4 Abemaciclib CCND3  
#>  5 Abemaciclib CDKN2A 
#>  6 Abemaciclib NRAS   
#>  7 Abemaciclib CCND2  
#>  8 Abemaciclib SMARCA4
#>  9 Abemaciclib KRAS   
#> 10 Abiraterone CYP17A1
#> # … with 2,913 more rows

^{由 reprex package (v2.0.1)}

创建于 2022-03-22

使用 table.read 在 R 中导入时出现问题

Using table.read has an issue importing in R

r

tostring

read.table