从 gitlab 容器注册表中提取具有奇异性的 docker 图像时出错

Question

我正在尝试使用 singularity pull 从我的 Gitlab 容器注册表中提取一个 docker 图像（因为我想使用它的奇异性），但是我从奇异性中得到一个错误，告诉我一个文件不是 tar 存档。实际上这个文件包含 <?xml version='1.0' encoding='UTF-8'?><Error><Code>AuthenticationRequired</Code><Message>Authentication required.</Message></Error>.

有效的命令：docker pull registry.gitlab.com/uit-sfb/metapipe/preprocess-reads:master。
失败的命令：singularity pull docker://registry.gitlab.com/uit-sfb/metapipe/preprocess-reads:master

问题是我的存储库是 public 并且每个人都可以读取它。那我错过了什么？？

Answer 1

您应该能够从托管在 Docker 集线器上的 Docker 图像构建 Singularity 图像：

singularity build your-image.sif docker://maintainer/image:tag

因为这不是托管在 Docker hub 上的图像，但在 gitlab 上，构建命令应该使用 oras（OCI 注册表作为存储）地址。

在您的用例中，是这样的：

singularity pull preprocess-reads-master.sif oras://gitlab-registry/uit-sfb/metapipe/preprocess-reads:master

或者这个：

singularity pull preprocess-reads-master.sif oras://registry.gitlab.com/uit-sfb/metapipe/preprocess-reads:master

Answer 2

我能够运行 singularity pull docker://registry.gitlab.com/uit-sfb/metapipe/preprocess-reads:master 没有问题，这表明存在环境或身份验证问题。如果设置了 SINGULARITY_DOCKER_USERNAME 或 SINGULARITY_DOCKER_PASSWORD 变量，奇点将尝试将它们用于 all docker 注册表。此外，如果您使用 singularity remote login docker://registry.gitlab.com 以及对该 repo/group 有效的 gitlab 凭据但没有容器注册表访问权限，您也会看到身份验证问题。

检查您配置的遥控器并注销给定注册表（如果列出）

singularity remote list
# Cloud Services Endpoints
# ========================
# 
# NAME         URI              ACTIVE  GLOBAL  EXCLUSIVE  INSECURE
# SylabsCloud  cloud.sylabs.io  YES     YES     NO         NO
# 
# Keyservers
# ==========
# 
# URI                     GLOBAL  INSECURE  ORDER
# https://keys.sylabs.io  YES     NO        1*
# 
# * Active cloud services keyserver
# 
# Authenticated Logins
# =================================
# 
# URI                           INSECURE
# docker://registry.gitlab.com  NO
#
singularity remote logout docker://registry.gitlab.com

尝试运行在干净的环境中使用 pull 命令

env -i $(which singularity) pull docker://registry.gitlab.com/uit-sfb/metapipe/preprocess-reads:master

参考：Singularity + non Docker hub registries documentation

从 gitlab 容器注册表中提取具有奇异性的 docker 图像时出错

Error pulling docker image with singularity from gitlab container registry

gitlab

singularity-container