Augmenting/Mutating 个 R 中的模型对象

Question

所以我是运行多个cochrane orcutt回归，这没问题。然后我使用 modelsummary() 显示这些回归的输出。到目前为止仍然没有问题。

但是，当我随后尝试使用 modelplot() 比较模型时，cochrane orcutt 模型（class“orcutt”）中没有计算出置信区间，因此出现以下错误：

Error in eval(parse(text = text, keep.source = FALSE), envir) : object 'conf.low' not found

我知道这里的问题是什么 - cochrane.orcutt() 命令没有计算出置信区间“部分”。部分解决方案也很明显 - 我可以使用点 estimates/coefficients 和标准误差（默认情况下当然包含在模型中）来计算置信区间。

然而，当我想在 modelplot() 中使用这些置信区间值时，我的问题出现了，因为它们不在模型对象中。在我的无知中，我尝试了以下尝试并使用 mutate():

创建置信区间的下限

model %>% 
+   mutate(`conf.low`=`coefficients`-1.96*`std.error`)

我希望这能很好地表达我的问题，感谢您的阅读。

Answer 1

如评论中所述，mutate 是 dplyr 包中的一个函数，旨在处理数据帧， 不适用于模型 对象或 modelsummary 表。

此外，请注意我无法正确诊断您的问题，因为您没有提供 MINIMAL REPRODUCIBLE EXAMPLE 并且您没有告诉我们您使用哪个函数来估计模型。

在 R 中执行 Cochrane-Orcutt 的一种方法是使用 orcutt 包：

library(orcutt)
data(icecream, package = "orcutt")
lm <- lm(cons ~ price + income + temp, data = icecream)
coch <- cochrane.orcutt(lm)

在幕后，modelsummary 包使用 broom 包中的 tidy 函数从模型对象中提取估计值：

library(broom)

tidy(coch)
#> # A tibble: 4 × 5
#>   term        estimate std.error statistic    p.value
#>   <chr>          <dbl>     <dbl>     <dbl>      <dbl>
#> 1 (Intercept)  0.157    0.290        0.543 0.592     
#> 2 price       -0.892    0.811       -1.10  0.282     
#> 3 income       0.00320  0.00155      2.07  0.0488    
#> 4 temp         0.00356  0.000555     6.42  0.00000102

从上面的输出中，您看到 broom 没有提取置信区间。这可以解释为什么 modelsummary 不能打印你的 table/plot.

另一种选择是指示 modelsummary 使用 parameters 包而不是 broom 来提取估计值。这可以通过设置全局选项来实现：

library(modelsummary)
options(modelsummary_get = "parameters")
modelsummary(coch, statistic = "conf.int", output = "markdown")

	Model 1
(Intercept)	0.157
	[-0.439, 0.754]
price	-0.892
	[-2.562, 0.778]
income	0.003
	[0.000, 0.006]
temp	0.004
	[0.002, 0.005]
Num.Obs.	30
R2	0.649
R2 Adj.	0.607
rho	0.401
number.interaction	11.000
dw.original	1.021
p.value.original	0.000
dw.transformed	1.549
p.value.transformed	0.051

并且 modelplot 现在也可以使用了：

modelplot(coch)

另一种选择是使用 broom 默认值，但使用您自己的 tidy_custom.orcutt 方法自定义输出。这有点复杂，但您可以在 modelsummary 网站上找到详细说明：https://vincentarelbundock.github.io/modelsummary/articles/modelsummary.html#adding-new-information-to-existing-models

Augmenting/Mutating 个 R 中的模型对象

Augmenting/Mutating of Model objects in R

regression

r

time-series

modelsummary