如何更改树对象 class 或绘制漂亮的树

Question

我需要为项目绘制一棵漂亮的树。问题是我必须使用特定的函数来创建创建树数据类型的树，并且所有用于以很好的方式绘制树的函数（ggtree，rpart.plot）都需要其他类型的对象。你能帮我改变树的对象数据类型或建议我其他函数来绘制它们吗？我必须绘制 prune.result。我不能使用其他功能来创建和修剪树。（我知道我可以使用简单的 plot 函数，但我在所有项目中都使用了 ggplot 包，所以我想要类似的东西）。

提前致谢


dataframe <- data_frame(y = as.factor(rbinom(1000, size = 1, prob = 0.3)), x0 = rnorm(1000), x1 = rnorm(1000, 3), x2 = rnorm(1000, 3,0.5),  x3 = rnorm(1000, 1,0.5), x4 = rnorm(1000, 3.5), x5 = rnorm(1000, 2.3,0.5),  x6 = rnorm(1000, 1,0.5), x7 = as.factor(rbinom(1000, size = 4, prob = 0.5)), x8 = as.factor(rbinom(1000, size = 3, prob = 0.8)))

library(tree)
tree = tree::tree(y ~., data=dataframe, split='gini', control = tree.control(nobs=dim(dataframe)[1],mincut=1,minsize=2))
prune.result = prune.misclass(tree, best =12)

我尝试将 prune.result 转换为数据帧以将其用于 ggtree，我还尝试将其转换为 rpart 对象，但我没有成功。

Answer 1

如果你需要使用 tree 包生成的树对象，但你想要 ggplot 输出，你应该查看 ggdendro

这是基于您的示例的完整表示：

set.seed(1)

dataframe <- data.frame(y = as.factor(rbinom(1000, size = 1, prob = 0.3)), 
                        x0 = rnorm(1000), 
                        x1 = rnorm(1000, 3), 
                        x2 = rnorm(1000, 3,0.5),  
                        x3 = rnorm(1000, 1,0.5), 
                        x4 = rnorm(1000, 3.5), 
                        x5 = rnorm(1000, 2.3,0.5),  
                        x6 = rnorm(1000, 1,0.5), 
                        x7 = as.factor(rbinom(1000, size = 4, prob = 0.5)), 
                        x8 = as.factor(rbinom(1000, size = 3, prob = 0.8)))

library(tree)
library(ggdendro)

tree <- tree(y ~ ., data = dataframe, split = 'gini', 
                  control = tree.control(nobs = nrow(dataframe),
                                         mincut = 1, minsize = 2))

prune.result <- prune.misclass(tree, best = 12)

ggdendrogram(prune.result, theme_dendro = FALSE)

^{由 reprex package (v2.0.1)}

于 2022-03-28 创建

如何更改树对象 class 或绘制漂亮的树

How to change tree object class or plot nicely trees

r

ggplot2

plot

tree

rpart