从 snakemake 获取命令行标志

Question

是否可以检索命令行中使用的标志？例如，我想在我的工作流程中强制使用 conda，因为我已经为各种规则设置了环境。这让我可以控制包版本，用户不必手动安装包。这就是我想要做的：

在命令行时，我使用这个命令：
snakemake --cores 10

然后我可以检测到这些标志的用法。例如：

if snakemake.flags.use_conda == False:
    print("You must use conda!")
    exit(1)

我知道这并不完美，但我希望我的意图是明确的。

感谢您的帮助！

Answer 1

也许：

if not workflow.use_conda:
    sys.stderr.write("Use conda\n")
    sys.exit(1)

请注意 sys.exit 使 snakemake 给出了丑陋的错误跟踪 - 我依稀记得一个我现在找不到的 hacky 解决方法...

Getting command line flags from snakemake