按 R 中的列值排序 table 行

Question

我有一个 BLAST 工具的经典输出，它就像下面的 table。为了使 table 更易于阅读，我减少了列数。

query	subject	startinsubject	endinsubject
1	SRR	50	100
1	SRR	500	450

我需要创建另一列，称为“strand”，当查询像第一行一样向前时，因此 startinsubject 小于 endinsubject，写入新列 F。另一方面，当查询反向时，如第二行，其中 startinsubject 高于 endinsubject，它会在新的“strand”列中添加一个 R。

我想要一个新的 table，如下图所示。谁能帮帮我？一千个感谢

query	subject	startinsubject	endinsubject	strand
1	SRR	50	100	F
1	SRR	500	450	R

Answer 1

我们可以使用 ifelse/case_when 或者只是将逻辑索引转换为数字索引以进行替换

library(dplyr)
df1 <- df1 %>% 
   mutate(strand =  c("R", "F")[1 + (startinsubject < endinsubject)])

-输出

df1
 query subject startinsubject endinsubject strand
1     1     SRR             50          100      F
2     1     SRR            500          450      R

数据

df1 <- structure(list(query = c(1L, 1L), subject = c("SRR", "SRR"), 
    startinsubject = c(50L, 500L), endinsubject = c(100L, 450L
    )), class = "data.frame", row.names = c(NA, -2L))

Answer 2

这是一个ifelse选项。您可以使用以下代码：

df <- data.frame(query = c(1,1),
                 subject = c("SRR", "SRR"),
                 startinsubject = c(50, 500),
                 endinsubject = c(100, 450))

library(dplyr)

df %>%
  mutate(strand = ifelse(startinsubject > endinsubject, "R", "F"))

输出：

  query subject startinsubject endinsubject strand
1     1     SRR             50          100      F
2     1     SRR            500          450      R

按 R 中的列值排序 table 行

Sort table rows by column values in R

r

dataframe

blast

数据