2 个矩阵的曼哈顿矩阵是非对称的，但应该是

Question

我创建了两个以随机整数作为分量的矩阵，矩阵的维数无关紧要。然后我想通过曼哈顿方法计算距离矩阵并将其框为矩阵。矩阵应该是对称的，但是当我将它构造为矩阵时，输出是非对称距离矩阵。

通过那个矩阵（应该是输出）我想计算一个簇。

我的错误在哪里？

代码：

a <- c(sample.int(30,6))

b <- c(sample.int(30,6))

c <- c(sample.int(30,6))

d <- c(sample.int(30,6))

e <- c(sample.int(30,6))

f <- c(sample.int(30,6))

V2 <- rbind(a,b,c,d,e,f)

V1 <- rbind(a,b,c,d,e,f) 

d1MNR <- matrix(dist(Vorlage1,Vorlage2, method="manhattan"))              #### Is non symmetric
          
d1MR  <- matrix(dist(V1,V2,upper=TRUE, diag=TRUE ,method="manhattan"))    #### Should be symmetric, but is not     

d1MR ### Generate output


hclust <- hclust(dist(d1MR), method = "single")                         ### Clustering

Answer 1

您可以从 V1 制作对称距离矩阵或从 V2 制作对称矩阵，但从两者制作对称矩阵的唯一方法是将它们组合 V12 <- rbind(V1, V2)。 dist() 函数 returns 一个 dist 对象，hclus 可以使用。您不需要将它们转换为矩阵。在您的示例中，V1 和 V2 是相同的。我们需要它们与众不同：

set.seed(42)
V1 <- matrix(sample.int(30, 36, replace=TRUE), 6)
V2 <- matrix(sample.int(30, 36, replace=TRUE), 6)
V12 <- rbind(V1, V2)
rownames(V12) <- paste(rep(c("V1", "V2"), each=6), 1:6, sep=":")
colnames(V12) <- letters[1:6]
V12
#       a  b  c  d  e  f
# V1:1 17 18  4 18  4 28
# V1:2  5 26 25 15  5  8
# V1:3  1 17  5  3 13  3
# V1:4 25 15 14  9  5 26
# V1:5 10 24 20 25 20  1
# V1:6  4  7 26 27  2 10
# V2:1 24  8 28  3 18 22
# V2:2 30  4  5 24  6 21
# V2:3 11  4  4 23  6  2
# V2:4 15 22  2 17  2 23
# V2:5 22 18 24 21 20  6
# V2:6 26 13 18 26  3 26
d1MNR <- dist(V12, method="manhattan")
hclust <- hclust(d1MNR, method = "single")
plot(hclust)

如果你想看一个对称的距离矩阵：

print(d1MNR, upper=TRUE, diag=TRUE)
#      V1:1 V1:2 V1:3 V1:4 V1:5 V1:6 V2:1 V2:2 V2:3 V2:4 V2:5 V2:6
# V1:1    0   65   67   33   79   75   76   43   53   16   66   39
# V1:2   65    0   58   66   44   38   79   90   64   57   49   72
# V1:3   67   58    0   72   62   76   79   88   52   67   69   98
# V1:4   33   66   72    0   86   78   45   46   74   43   63   26
# V1:5   79   44   62   86    0   58   83   90   54   73   31   72
# V1:6   75   38   76   78   58    0   75   68   48   73   59   54
# V2:1   76   79   79   45   83   75    0   67   93   80   52   59
# V2:2   43   90   88   46   90   68   67    0   40   49   73   36
# V2:3   53   64   52   74   54   48   93   40    0   55   65   68
# V2:4   16   57   67   43   73   73   80   49   55    0   72   49
# V2:5   66   49   69   63   31   59   52   73   65   72    0   57
# V2:6   39   72   98   26   72   54   59   36   68   49   57    0

2 个矩阵的曼哈顿矩阵是非对称的，但应该是

Manhattan Matrix by 2 Matrices is non symmetric but should be

r

cluster-computing

manhattan