如何以编程方式将外部生成的图像插入 R markdown？

Question

不必像这样包含图像的相对路径：

![\label{fig:R1amb}R1 Ambient RNA Contamination](../outs/pre-processing/ambientRNA_R1.png)

我想像这样从 yaml 对象中引入图像：

![\label{fig:R1amb}R1 Ambient RNA Contamination](`r yaml$inputs$R1_ambient`)

其中 yaml$inputs$R1_ambient 包含 png 的完整路径。但是，这不会渲染图像。这是为什么？

Answer 1

我不确定您使用的是哪种 Rmarkdown（因此不确定 yaml$inputs 和标签 cross-reference）。但是，我的解决方案应该仍然有效。

您可以在 R 块中使用 knitr::include_graphics 以使用参数化路径：

---
title: "Test"
date: "4/4/2022"
output: html_document
params:
  R1_ambient: "test.png"
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

# Plot
```{r R1amb, echo = FALSE, fig.cap = "R1 Ambient RNA Contamination"}
knitr::include_graphics(params$R1_ambient)
```

如何以编程方式将外部生成的图像插入 R markdown？

How do I insert externally-generated images into R markdown programatically?

r

knitr

r-markdown