eofs.xarray 引发 TypeError（使用 DataArray 构造变量是不明确的）

Question

我正在使用 xarray 处理多维数据集，但在使用 eofs, the EOF analysis package, and particularly, with its xarray interface 时遇到了一些问题。

我的 xarray DataArray 如下所示：

<xarray.DataArray 'timeMonthly_avg_flux' (time: 1800, y: 601, x: 601)>
array([[[0., 0., ..., 0., 0.],
    [0., 0., ..., 0., 0.],
    ...,
    [0., 0., ..., 0., 0.],
    [0., 0., ..., 0., 0.]],
   [[0., 0., ..., 0., 0.],
    [0., 0., ..., 0., 0.],
    ...,
    [0., 0., ..., 0., 0.],
    [0., 0., ..., 0., 0.]]])
Coordinates:
lat      (y, x) float64 ...
lon      (y, x) float64 ...
time     (time) datetime64[ns] 2001-01-31 2001-02-28 ... 2150-12-31
x        (x) float64 -3e+06 -2.99e+06 -2.98e+06 ... 2.98e+06 2.99e+06 3e+06
y        (y) float64 -3e+06 -2.99e+06 -2.98e+06 ... 2.98e+06 2.99e+06 3e+06

当我运行以下内容时出现问题：

from eofs.xarray import Eof
solver = Eof(flux) # flux is the above DataArray
flux_eofs = solver.eofs()

为此我得到以下类型错误：

TypeError: Using a DataArray object to construct a variable is ambiguous, please extract the data using the .data property.

还注意到此函数中的其他方法按预期工作：我能够按如下方式调用主要组件：

flux_pcs = solver.pcs()

数据集确实有 NaN 值，但据我所知，eofs.xarray 模块设计用于处理 NaN。目前，我的解决方法是将数据集转换为 Numpy 数组并改用 eofs.standard interface，然后根据需要将输出转换回 xarray Datasets/DataArrays。当我这样做时，所有方法都按预期工作：

from eofs.standard import Eof
flux_np = flux.to_numpy()
solver = Eof(flux_np)
flux_eofs = solver.eofs()

我发现了另外两个引发此错误的实例：作为 w2w package, where it seems to have been something to do with the python environment, and here, as part of the PyWake project 的一部分，但我不清楚问题出在哪里。

Answer 1

我最近运行在我的项目中遇到了相同的错误消息（它在本质上与您的不同）。我 pip 在我的 PC (0.20.2) 上卸载了最新版本的 xarray 并安装了一个旧版本 (0.16.0)，并且（至少）那个错误消失了。

Answer 2

对于遇到此问题的每个人来说，这是一个错误，该错误也已在 Github 上提出和讨论（也是该问题的作者 :)）。 xarray 兼容性目前有点损坏。

暂时可以通过更改

手动修复此问题

eofs/lib/eofs/xarray.py - 文件

#Lines 638 to 640
# Add non-dimension coordinates. 
pcs.coords.update({coord.name: (coord.dims, coord)
                       for coord in time_ndcoords})

至

# Add non-dimension coordinates.
pcs.coords.update({coord.name: (coord.dims, coord.data)
                       for coord in time_ndcoords})

有一个 pull request 解决这个问题，不幸的是还没有被合并。

eofs.xarray 引发 TypeError（使用 DataArray 构造变量是不明确的）

eofs.xarray raising TypeError (Using a DataArray to construct a variable is ambiguous)

python

python-xarray