如何使用数据表获取 R 中自上次日期（滞后）以来的天数时差？

Question

person_id  diag_date concept_id  event diff_prev_event
1:         1 2012-01-15    4265600 comorb         NA secs
2:         1 2012-01-15     201820 comorb          0 secs
3:         1 2012-03-15    4265600 comorb    5184000 secs
4:         2 2012-03-15     201820 comorb         NA secs
5:         2 2012-06-22     201820 comorb    8553600 secs
6:         2 2012-06-22    4265600 comorb          0 secs

我正在尝试计算每个人自上次活动以来的天数。我运行有两个问题。

时差以秒为单位显示。我需要得到日子。（5184000 秒 = 30 天）
如果两天是相同的日期，那么第二个显示的是 0，而它应该查看的是不同的日期。第 5 行和第 6 行是同一日期，因此它们会有相同的日期差异。

这是我试过的代码：

dt[order(diag_date),diff_prev_event := difftime(diag_date, lag( diag_date)), by = c("person_id") ]

Answer 1

指定 units

library(data.table)
dt[order(diag_date),diff_prev_event := difftime(diag_date, 
     lag( diag_date), units = 'days'), by = c("person_id") ]

然后，我们按 'person_id' 和 'diag_date' 分组，如果有多于一行

，则将值更改为 max

dt[, diff_prev_event := if(.N > 1) max(diff_prev_event, 
    na.rm = TRUE) else diff_prev_event, .(person_id, diag_date)]
> dt
   person_id  diag_date concept_id  event diff_prev_event
       <int>     <Date>      <int> <char>      <difftime>
1:         1 2012-01-15    4265600 comorb          0 days
2:         1 2012-01-15     201820 comorb          0 days
3:         1 2012-03-15    4265600 comorb         60 days
4:         2 2012-03-15     201820 comorb         NA days
5:         2 2012-06-22     201820 comorb         99 days
6:         2 2012-06-22    4265600 comorb         99 days

-输出

数据

dt <- structure(list(person_id = c(1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L), diag_date = structure(c(15354, 
15354, 15414, 15414, 15513, 15513), class = "Date"), concept_id = c(4265600L, 
201820L, 4265600L, 201820L, 201820L, 4265600L), event = c("comorb", 
"comorb", "comorb", "comorb", "comorb", "comorb")), row.names = c(NA, 
-6L), class = c("data.table", "data.frame"))

如何使用数据表获取 R 中自上次日期（滞后）以来的天数时差？

How to get time difference in days since last date (lag) in R using datatable?

r

lag

data.table

difftime

数据