基于R中的apply函数创建矩阵

Question

我在 R 中有一个像这样的矩阵

dat <- matrix(c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1,
                0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1,
                0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1,
                0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1), ncol = 4)

我想计算互信息的局部变量 (lv)。对于一对列，我可以使用以下代码找到 lv

dat <- dat[,c(1,2)]
#install.packages("rinform")
library(rinform)
library(devtools)
#install_github("ELIFE-ASU/rinform")
#install_github("ELIFE-ASU/rinform", ref = "dev")
library(rinform)
mutual_info(dat)
mi <- mutual_info(dat, local = T)
mi <- as.matrix(mi)

这导致：

> mi
            [,1]
 [1,] -1.0000000
 [2,] -1.0000000
 [3,]  0.2223924
 [4,]  0.2223924
 [5,]  0.2223924
 [6,]  0.2223924
 [7,]  0.2223924
 [8,]  0.2223924
 [9,]  0.2223924
[10,]  0.2223924
[11,]  0.2223924
[12,]  0.2223924
[13,]  0.2223924
[14,]  0.2223924
[15,]  0.2223924
[16,]  0.2223924
[17,]  1.5849625
[18,]  1.5849625
[19,]  1.5849625
[20,] -1.5849625

如何创建一个矩阵，使每一列都具有每对的 mi 值？尝试使用应用功能但无法使其工作。输出结果必须是一个包含所有成对列组合的 20x6 矩阵，即上述 mi 过程 dat[,c(1,2)]、dat[,c(1,3)]、dat[,c(1,4)]、dat[,c(2,3)] , dat[,c(2,4)], dat[,c(3,4)]。有人可以帮助我吗？

Answer 1

我无法验证这种方法，因为我不知道 rinform 包。你可以试试

apply(combn(1:4, 2), 2, function(i) mutual_info(dat[, i], locale = TRUE))

combn(1:4, 2) 从 1:4.
我们将其用作 apply 函数的输入以生成结果。

命名

如果将新数据存入矩阵

new_data <- apply(combn(1:4, 2), 2, function(i) mutual_info(dat[, i], locale = TRUE))

您可以使用相同的方法命名列：

colnames(new_data) <- apply(combn(1:4, 2), 2, function(i) paste0("V", i, collapse = ""))

基于R中的apply函数创建矩阵

create matrix based on apply function in R

loops

r

matrix

lapply

命名