获取多帧 DICOM 文件的所有图像

Question

我正在尝试获取多帧 DICOM 文件中的所有图像。现在，通过使用 pydicom 和 matplotlib 库，我成功地能够在单帧 DICOM 文件中查看和保存单个图像，如下所示：

filename = pydicom.data.data_manager.get_files(*base folder path*,*dicom filename*)[0]
ds = pydicom.dcmread(filename)

plt.imshow(ds.pixel_array, cmap=plt.cm.bone)
plt.show()

现在，我希望能够查看并保存多帧 DICOM 图像中的所有图像，但是通过使用这段代码，returns 出现以下错误：

TypeError: Invalid shape (150, 768, 1024, 3) for image data

我在网上搜索了一下，但似乎找不到任何启发我的东西。我想知道是否有人通过这个，克服它的最佳方法是什么，并且能够在多帧 DICOM 文件中获取所有图像。

注意：在Stack Overflow上找到的类似问题要么已经过时，要么不符合我的要求。

Answer 1

DICOM 本质上是一种 'three-dimensional' 图像格式：它可以存储大量图像或 'slices'。然而，由于彩色图像已经是 3 维的（高度、宽度、RGB 通道），DICOM 数据集实际上可以是 4 维的（显然......我不知道这一点）。至少，我认为这就是为什么数据集的 shape 中有四个元素的原因。

我的猜测是该数据集包含 150 张图像，每张图像具有 768 x 1024 像素和 3 个通道。

所以假设 ds.pixel_array 是 array-like，你应该能够像这样看到中间的切片：

plt.imshow(ds.pixel_array[75])

要将它们全部保存下来，您需要执行如下伪代码：

for i, slice in enumerate(ds.pixel_array):
    plt.imshow(slice)
    plt.savefig(f'slice_{i:03n}.png')

显然，这只是 re-create 您基本上已经拥有的内容，但格式不太方便，但您明白了。

获取多帧 DICOM 文件的所有图像

Get all images of a multi-frame DICOM file

python

matplotlib

dicom

pydicom