基因列表的调整后 p 值
adjusted p-value for a list of genes
我有一组来自两个种群的基因的数据集，然后我想评估这两个种群是否具有差异表达的这些基因。这就是为什么我想获得调整后的 p 值。
我对编码知之甚少，但我尝试过但没有成功。我试过 Python 和 R.
我拥有的数据具有以下结构：
,CONTROL1,CONTROL2,CONTROL3,PROBLEM1,PROBLEM2,PROBLEM3
gene1,31.7,6.31,0.632,0.021,0.159,0.026,
gene2,31.7,6.31,0.632,0.021,0.159,0.026,
gene3,31.7,6.31,0.632,0.021,0.159,0.026,
...
gene_n,31.7,6.31,0.632,0.021,0.159,0.026,
我已经尝试了所有在互联网上找到的方法，但没有成功。
我想获取类似这样的列表：
gene_name, adjusted_p-value
gene1, 0.001
gene2, 0.3
gene3, 0.9
...
gene_n, 0.004
如果有人可以给我提示在哪里检查或如何检查，我将不胜感激。
谢谢！！
简短的回答是，如果您使用的是差异表达数据，则可能值得使用 deseq2。
https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq2.html
教程还不错：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DESeq2/inst/doc/DESeq2.html
它将向您介绍如何从基本上是您拥有的计数矩阵数据到一组调整后的 p-values。
对于像这样的未来事情，你去 https://bioinformatics.stackexchange.com/ 可能比这里更好。
我有一组来自两个种群的基因的数据集，然后我想评估这两个种群是否具有差异表达的这些基因。这就是为什么我想获得调整后的 p 值。
我对编码知之甚少，但我尝试过但没有成功。我试过 Python 和 R.
我拥有的数据具有以下结构：
,CONTROL1,CONTROL2,CONTROL3,PROBLEM1,PROBLEM2,PROBLEM3
gene1,31.7,6.31,0.632,0.021,0.159,0.026,
gene2,31.7,6.31,0.632,0.021,0.159,0.026,
gene3,31.7,6.31,0.632,0.021,0.159,0.026,
...
gene_n,31.7,6.31,0.632,0.021,0.159,0.026,
我已经尝试了所有在互联网上找到的方法，但没有成功。
我想获取类似这样的列表：
gene_name, adjusted_p-value
gene1, 0.001
gene2, 0.3
gene3, 0.9
...
gene_n, 0.004
如果有人可以给我提示在哪里检查或如何检查，我将不胜感激。 谢谢！！
简短的回答是，如果您使用的是差异表达数据，则可能值得使用 deseq2。
https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq2.html
教程还不错：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DESeq2/inst/doc/DESeq2.html
它将向您介绍如何从基本上是您拥有的计数矩阵数据到一组调整后的 p-values。
对于像这样的未来事情，你去 https://bioinformatics.stackexchange.com/ 可能比这里更好。