如何让 R 使用 rstatix 读取函数变量

Question

我正在尝试对大型数据框执行多个独立的 t 检验。当我创建一个循环到运行的函数时，测试 rstatix 不会将函数变量作为变量读取并输入它们的值。

示例数据

if(!require(rstatix)){install.packages("rstatix");library('rstatix')}

set.seed(1)
df <- data.frame(
Type = sprintf("Type_%s", rep.int(1:2, times = 10)),
Read = rnorm(20))

T 检验

stat.test <- df %>%
  t_test(Read ~ Type, paired = FALSE)
stat.test

没有统计数据的图

ggplot(df, aes(x = Type, y = Read))  + 
      geom_boxplot(aes(fill= Type)) +
      geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center', dotsize=1, binwidth = 1/30)

示例函数（工作正常！）

my.function <-
function(df, var1, var2) {
    
    ggplot(df, aes_string(x = var1, y = var2))  + 
      geom_boxplot(aes_string(fill= var1)) +
      geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center', dotsize=1, binwidth = 1/30)
}
my.function(df, 'Type', 'Read')

我的问题

my.function <-
function(df, var1, var2) {
    stat.test <- df %>%
      t_test(var2 ~ var1, paired = FALSE)
    
    ggplot(df, aes_string(x = var1, y = var2))  + 
      geom_boxplot(aes_string(fill= var1)) +
      geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center', dotsize=1, binwidth = 1/30) + 
      stat_pvalue_manual(stat.test, label = "p", y.position = 2.1)
}
my.function(df, 'Type', 'Read')

上面的 returns 是一个错误，因为 rstatix 认为 var1 和 var2 是示例数据框中的列。

我尝试了以下方法让 R 停止该行为，但两次尝试都失败了。

尝试 1

my.function <-
function(df, var1, var2) {
    stat.test <- df %>%
      t_test(eval(parse(var2)) ~ eval(parse(var1)), paired = FALSE)
    
    ggplot(df, aes_string(x = var1, y = var2))  + 
      geom_boxplot(aes_string(fill= var1)) +
      geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center', dotsize=1, binwidth = 1/30) + 
      stat_pvalue_manual(stat.test, label = "p", y.position = 2.1)
}
my.function(df, 'Type', 'Read')

尝试 2

my.function <-
function(df, var1, var2) {
    stat.test <- df %>%
      t_test(eval(as.name(paste(var2))) ~ eval(as.name(paste(var1))), paired = FALSE)
    
    ggplot(df, aes_string(x = var1, y = var2))  + 
      geom_boxplot(aes_string(fill= var1)) +
      geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center', dotsize=1, binwidth = 1/30) + 
      stat_pvalue_manual(stat.test, label = "p", y.position = 2.1)
}
my.function(df, 'Type', 'Read')

Answer 1

我进入了 t_test 函数，看看是否有任何迹象表明为什么我尝试将此自定义函数添加到运行会失败。我怀疑这个问题与 R 处理公式和函数的方式有关。在对我的原始脚本进行了一些操作之后，我终于让它工作了。

my.function <-
function(df, var1, var2) {
    stat.test <- df %>%
      t_test(as.formula(paste(var2, '~', var1)), paired = FALSE)
    
    ggplot(df, aes_string(x = var1, y = var2))  + 
      geom_boxplot(aes_string(fill= var1)) +
      geom_dotplot(binaxis='y', stackdir='center', dotsize=1, binwidth = 1/30) + 
      stat_pvalue_manual(stat.test, label = "p", y.position = 2.1)
}
my.function(df, 'Type', 'Read')

如何让 R 使用 rstatix 读取函数变量

How to get R to read function variables with rstatix

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rstatix