在 R 中计算箱线图显着性水平的错误结果

Question

我正在创建一个带有显着性水平条的基本箱线图（如此处所示：）

我使用的数据如下：

title1	title2	value
1	A	8.88
2	A	5.84
3	A	13.28
4	A	16.89
1	B	21.39
2	B	20.77
3	B	28.03
4	B	19.78
1	C	28.89
2	C	35.41
3	C	37.47
4	C	50.11
1	D	50.84
2	D	53.21
3	D	46.47
4	D	45.03

使用以下代码，创建箱线图效果很好。对于显着性条，我想使用配对 t 检验，例如 title2=A 与 title2=B，其中 title1=1 的两行是一对，依此类推。

在 R 中，我输入了以下命令，但它对 p 产生了不同的结果。例如，A 与 D 的 p 值应为 0.003，但 R 的结果为 2.8e-05。配对 t 检验的正确语法是什么？


library(ggplot2)
library(ggsignif)

ggplot(bxp, aes(y=value,x=title2)) +
xlab("Behandlung") + 
scale_x_discrete(labels=c("Kontrolle","Stretch","Hyperoxie","Stretch & Hyperoxie")) + 
ylab("Zelluläre Seneszenz (%)") + theme_classic() + 
geom_boxplot(coef = Inf) + 
geom_signif(comparisons=list(c("A","B"),c("A","C"),c("A","D")), test=t.test, map_signif_level=FALSE, step_increase=0.08)

谢谢！

Answer 1

ggsignif 正在计算未配对的 t-test，我认为您需要配对测试。幸运的是 geom_signif 有一个 test.args 参数，它允许您将 paired = TRUE 传递给 geom:

ggplot(bxp, aes(y=value,x=title2)) +
  xlab("Behandlung") + 
  scale_x_discrete(labels=c("Kontrolle","Stretch","Hyperoxie","Stretch & Hyperoxie")) + 
  ylab("Zelluläre Seneszenz (%)") + theme_classic() + 
  geom_boxplot(coef = Inf) + 
  geom_signif(comparisons=list(c("A","B"),c("A","C"),c("A","D")), test=t.test, test.args = list(paired = T), map_signif_level=FALSE, step_increase=0.08)

数据：

bxp <- structure(list(title1 = c(1, 2, 3, 4, 1, 2, 3, 4, 1, 2, 3, 4, 
                                1, 2, 3, 4), title2 = c("A", "A", "A", "A", "B", "B", "B", "B", 
                                                        "C", "C", "C", "C", "D", "D", "D", "D"), value = c(8.88, 5.84, 
                                                                                                           13.28, 16.89, 21.39, 20.77, 28.03, 19.78, 28.89, 35.41, 37.47, 
                                                                                                           50.11, 50.84, 53.21, 46.47, 45.03)), row.names = c(NA, -16L), class = c("tbl_df", 
                                                                                                                                                                                   "tbl", "data.frame"))

在 R 中计算箱线图显着性水平的错误结果

Wrong results in calculating boxplot significance levels in R

r

boxplot

t-test

数据：