mac 上的 Biopython 的路径是如何表示的？

Question

我正在尝试运行一个基本的 biopython 脚本来重命名 fasta 文件中的序列。我在服务器上只有运行这个；我正在尝试在我的 mac 书中这样做，但我无法确定文件的正确路径应该是什么。

在服务器上的工作方式如下：

original_file = r”/home/ggb_myname/Documents/Viromex/Viromex.contigs.fa”

我正在尝试用

在我的 mac 上做同样的事情

original_file = r"/Users/u2188165/Documents/Home/Post-qiime/dna-sequences.fasta"

它returns错误

FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/Users/u2188165/Documents/Home/Post-qiime/dna-sequences.fasta

我知道这可能是基本的，但我自己或网上都找不到正确的路径写法。

Answer 1

尝试使用 pathlib 和 os 等库。使您的代码更加模块化并且 os 独立使用。

from pathlib import Path
import os

dir ="/Users/u2188165/Documents/Home/Post-qiime"
file= "dna-sequences.fasta"

full_path = os.path.join(str(Path(dir)), file)

或者甚至尝试向下钻取方法以获得更多功能。

from pathlib import Path
import os

path_drill =  ["Users","u2188165","Documents","Home","Post-qiime"]
file= "dna-sequences.fasta"

full_path = str(Path(os.path.join(*path_drill, file)))

How/Where想存储这个就看你的想象和要求了

编码愉快！

mac 上的 Biopython 的路径是如何表示的？

How are paths meant to be denoted on for Biopython on mac?

python

biopython