由于 metaMDS，物种评分不可用

Question

我正在 R 中进行排序分析，但在处理 vegan 函数 metaMDS 的结果时遇到了问题。更具体地说，我无法从 metaMDS 结果中获得物种分数。我在这里发现了一个类似的问题，但它的答案对我不起作用。

我的数据可以在这里找到：https://drive.google.com/file/d/1btKzAWL_fmJ80GjcgMnwX5m_ls8h8vpY/view?usp=sharing

这是我到目前为止编写的代码：

library(vegan)

mydata <- read.table("nmdsdata.txt", h=T, row.names=1)

dist.f <- vegdist(mydata, method = "bray")
dist.f2  <- stepacross(dist.f, path = "extended")

results<-metaMDS(dist.f2, trymax=500)

我被告知要使用 stepacross 函数，因为我的站点的物种组成非常不同，如果不使用它，我无法在 metaMDS 中获得收敛结果。到目前为止一切顺利。

当我尝试绘制结果时我的问题出现了：

plot(results, type="t")

当我运行该行时，我在控制台上收到以下消息：“物种分数不可用”。我尝试按照我之前引用的 link 上推荐的方法，通过运行代码：

NMDS<-metaMDS(dist.f2,k=2,trymax=500, distance = "bray")
envfit(NMDS, dist.f2)

不过，这里好像不行。它 returns 我是网站得分，而不是物种得分，就像使用我之前评论的 post 中的数据时那样。我的代码中唯一的区别是我使用“bray”而不是“euclidean”距离。此外，我在运行ning envfit 之后收到一条警告：“警告消息：在 complete.cases(X) & complete.cases(env) 中：较长的对象长度不是较短对象长度的倍数".

我需要站点分数和物种分数来绘制结果。我在这里错过了什么吗？我是 R 的新手，所以请考虑一下，

如有任何帮助，我们将不胜感激。提前致谢。

Answer 1

如果您想获得物种分数，您必须提供有关物种的信息。差异性没有任何关于物种的信息，因此它们不起作用。您有两个明显的（并记录在案的）替代方案：

向 metaMDS 提供数据矩阵，它将计算差异，如果需要，还会执行 stepacross:

## bray dissimilarities is the default, noshare triggers stepacross
NMDS <- metaMDS(mydata, noshare = TRUE, autotransform = FALSE, trymax = 500)

这也会关闭自动数据转换，因为您也没有在差异中使用它。

当您没有提供物种信息时，在分析后将物种分数添加到结果中：

NMDS <- metaMDS(dist.f2, trymax = 500)
sppscores(NMDS) <- mydata

如果您转换社区数据，您应该对 sppscores 中的 mydata 使用类似的转换。

由于 metaMDS，物种评分不可用

Species scores not available as result of metaMDS

r

vegan