如何用 "N/A" 跳过 sed 中的第一行来替换数据中的“00”？

Question

我正在处理 GWAS 数据，我的数据如下所示：

IID,kgp11004425,rs11274005,kgp183005,rs746410036,kgp7979600
1,00,AG,GT,AK,00
32,AG,GG,AA,00,AT
300,TT,AA,00,AG,AA       
400,GG,AG,00,GT,GG

期望的输出：

IID,kgp11004425,rs11274005,kgp183005,rs746410036,kgp7979600
1,N/A,AG,GT,AK,N/A
32,AG,GG,AA,N/A,AT
98,TT,AA,N/A,AG,AA       
3,GG,AG,N/A,GT,GG

在这里，我试图用“N/A”替换“00”，但由于我在 first_row/header_row 和第一列中有 00，即 IId，所以它在这里替换为 N/A 像 kgp11N/A4425, rs11274N/A5,kgp183N/A5.... 和 Id 列值 300、400、500 为 3N/A、4N/A、5N/A。我使用的 bash 命令：

sed 's~00~N/A~g' allSNIPsFinaldata.csv

任何人都可以帮助“如何不 include/Skip 第一行或 header 行和第一列并应用此效果。请帮助

Answer 1

有了 2 个捕获组，您可以使用这个 sed:

sed -E 's~(^|[[:blank:]])00([[:blank:]]|$)~N/A~g' file

IID, kgp11004425, rs11274005, kgp183005, rs746410036, kgp7979600
1       N/A           AG        GT            AK          N/A
32      AG           GG        AA            N/A          AT
98      TT           AA        N/A            AG          AA
3       GG           AG        N/A            GT          GG

详情：

(^|[[:blank:]]): 匹配开始或捕获组 #1 中的空格
00：匹配00
([[:blank:]]|$): 匹配结束符或捕获组#2 中的空格
N/A：替换以放回捕获组 #1 的值，然后是 N/A，然后是捕获组 #2

Answer 2

您也可以从第二行开始跳过第一行：

sed '2,$s~00~N/A~g' allSNIPsFinaldata.csv

如果您不想部分单词匹配，可以在 00 in different ways.

周围实施单词边界

Answer 3

您可以为 select 应用命令的行指定一个地址。因此，您可以选择像这样排除第一行：

sed '1!s~00~N/A~g' allSNIPsFinaldata.csv

作为旁注，我想指出尽管有文件名，您的示例实际上并不是 CSV；你的 header 是 comma-delimited 但文件的其余部分使用了空格。

Answer 4

使用sed

$ sed 's|\<00\>|N/A|g' input_file
IID, kgp11004425, rs11274005, kgp183005, rs746410036, kgp7979600
1       N/A           AG        GT            AK          N/A
32      AG           GG        AA            N/A          AT
98      TT           AA        N/A            AG          AA
3       GG           AG        N/A            GT          GG

如何用 "N/A" 跳过 sed 中的第一行来替换数据中的“00”？

How to replace "00" in data with "N/A" skipping first row in sed?

linux

bash

sed