双向频率table后跟矩阵乘法-高运行时间

Question

我是 R 的新手，正在尝试为数据帧或矩阵中的任意列组合计算固定矩阵与二维频率 table 之间的乘积，并将其除以序列长度（又名行数为 15），问题是运行时间在 1K 序列（1K 列）上执行时急剧增加。目标是尽可能多地使用它（超过 10 分钟，对于 10K 可能超过 1 小时）

mat1 <- matrix(sample(LETTERS),ncol = 100,nrow = 15)
mat2 <- matrix(sample(abs(rnorm(26,0,3))),ncol=26,nrow=26)
rownames(mat2) <- LETTERS
colnames(mat2) <- LETTERS
diag(mat2) <- 0

test_vec <- c()
for (i in seq(ncol(mat1)-1)){  
  for(j in seq(i+1,ncol(mat1))){
    
    s2 <- table(mat1[,i],mat1[,j]) # create 2-way frequency table
    mat2_1 <- mat2
    mat2_1 <- mat2_1[rownames(mat2_1) %in% rownames(s2), 
                               colnames(mat2_1) %in% colnames(s2)]
    calc <- ((1/nrow(mat1))*sum(mat2_1*s2))
    test_vec <- append(test_vec,calc)

  }}

感谢您的帮助。

Answer 1

这是一种将 mat1 转换为 data.table 并将所有列转换为因子的方法，并使用 table(..., exclude=NULL)

library(data.table)
m=as.data.table(mat1)[,lapply(.SD, factor, levels=LETTERS)]
g = combn(colnames(m),2, simplify = F)
result = sapply(g, function(x) sum(table(m[[x[1]]], m[[x[2]]], exclude=NULL)*mat2)/nrow(m))

检查是否相等：

sum(result-test_vec>1e-10)
[1] 0

这里有4950种组合（100*99/2），但是组合的数量会随着nrow(mat1)的增加而快速增加（正如你所指出的）。在这种情况下，您可能会发现并行化版本效果很好。

library(doParallel)
library(data.table)
registerDoParallel()

m=as.data.table(mat1)[,lapply(.SD, factor, levels=LETTERS)]
g = combn(colnames(m),2, simplify = F)
result = foreach(i=1:length(g), .combine=c) %dopar%
  sum(table(m[[g[[i]][1]]], m[[g[[i]][2]]], exclude=NULL)*mat2)
result = result/nrow(m)

双向频率table后跟矩阵乘法-高运行时间

Two-way frequency table followed by matrix multiplication - high running time

r

performance

matrix

matrix-multiplication