对 R 中的 DE 基因病理学进行 T 检验

Question

我有这个：

subset_1 <- degs[degs$pathol=='fibrosis'&degs$value==1,]
mean_1 <- mean(subset_1$logFC)
sd_1 <- sd(subset_1$logFC)
tsub_1 <- t.test(mean_1, sd_1 alternative = c(“two.sided”, “less”, “greater”))

subset_0 <- degs[degs$pathol=='fibrosis'&degs$value==0,]
mean_0 <- mean(subset_0$logFC)
sd_0 <- sd(subset_0$logFC)

ttest <- t.test(mean_1, sd_1)

我收到这个错误：

Error in t.test.default(mean_1, sd_1) : not enough 'x' observations

我正在尝试在 subset_1 和 subset_0 LogFC 列上创建 t.test。

我不确定如何计算 t.test，我想我需要将我从子集表中的列中计算出的均值和标准差作为输入，该子表中有一个用于 logFC 的列，我采用了的均值和标准差...并尝试了两种方法来获得 t.test。我阅读了很多这方面的信息，但仍然无法输入。

Answer 1

你太复杂了。使用 t.test 参数 subset 来保留您想要的行。
未经测试，因为问题中没有数据。

fibr <- degs$pathol == "fibrosis"
val01 <- degs$value %in% c(0, 1)

ttest <- t.test(logFC ~ value, data = degs, subset = fibr & val01)

对 R 中的 DE 基因病理学进行 T 检验

Perform T test on DE genes pathologies in R

r

t-test