Sum/return NA 当所有值都是 NA

Question

我正在尝试运行具有 NA 观测值的列的函数。当所有观察结果都是 NA 时，我希望它为 return NA，但是当只有一小部分行有它时，只需应用 na.rm=T。我看过一些展示如何执行此操作的帖子 (, link_2, link_3)，但其中 none 似乎适用于我的功能，我不确定我哪里出错了。

# data frame
species_1<- c(NA, 10, 40)
species_2<- c(NA, NA, 30)
species_3<- c(NA, NA, NA)
group<- c(1, 1, 1)

df<- data.frame(species_1, species_2, species_3, group)

# function argument
y_true_test<- c(30, 20, 20) 

# function
estimate = function(df, y_true, na.rm=T) {
  
  if (all(is.na(df))) df[NA_integer_] else
  
  sqrt(colSums((t(t(df) - y_true_test))^2, na.rm=T) / 3) / y_true_test * 100
  
}

# run
final<- df %>%
  group_by(group) %>%
  group_modify( ~ as.data.frame.list(estimate(., y_true_test))) #species 3 returns '0' when it should be NA

如有任何帮助，我们将不胜感激。

Answer 1

该函数正在检查整个数据集列上的 NA，而不是按每一列检查。这里有一个 across

的选项

library(dplyr)
names(y_true_test) <- grep("species", names(df), value = TRUE)
df %>%
   group_by(group) %>% 
   summarise(across(everything(), ~ if(all(is.na(.x))) NA_real_ else
     sqrt(sum((.x - y_true_test)^2, na.rm = TRUE)/n())/
                (y_true_test[cur_column()]) * 100), .groups = 'drop')

-输出

# A tibble: 1 × 4
  group species_1 species_2 species_3
  <dbl>     <dbl>     <dbl>     <dbl>
1     1      43.0      28.9        NA

如果我们想修改OP的功能

estimate <- function(df, y_true, narm=TRUE) {
  
  i1 <- colSums(is.na(df)) == nrow(df)
  
  
   out <- sqrt(colSums((t(t(df) - y_true_test))^2,
        na.rm= narm) / 3) / y_true_test * 100
   out[i1] <- NA
   out
  
}

-测试

> df %>%
+   group_by(group) %>%
+   group_modify( ~ as.data.frame.list(estimate(., 
          y_true_test))) 
# A tibble: 1 × 4
# Groups:   group [1]
  group species_1 species_2 species_3
  <dbl>     <dbl>     <dbl>     <dbl>
1     1      43.0      28.9        NA

Sum/return NA 当所有值都是 NA

Sum/return NA when all values are NA

r

function

na