使用 rsid 值绘制两个数据集之间的重叠
plot overlap between two datasets using rsid value
我想绘制两个数据集之间的重叠部分。
我的第一个数据集是：
dput(rsid_en_vcf[1:43,])
c("rs782629217", "rs782403204", "rs199529001", "rs147880041",
"rs141826009", "rs199826048", "rs200558688", "rs782114919", "rs41304577",
"rs200311430", "rs147114528", "rs200635479", "rs41288741", "rs782167952",
"rs6560827", "rs200242637", "rs144539776", "rs41305669", "rs41288743",
"rs41288743", "rs369736529", "rs148025238", "rs41298226", "rs782272071",
"rs9329304", "rs9329305", "rs137895574", "rs142619172", "rs144154384",
"rs782777737", "rs782796368", "rs782443786", "rs782246853", "rs150779790",
"rs782304204", "rs9329306", "rs144740103", "rs4431953", "rs189892388;rs75953774",
"rs61839057", "rs61839058", "rs145405488", "rs782307404")
我的第二个数据集是：
dput(en_Brain_Cortex7[1:10,])
结构（列表（RSID1 = c（“rs2085346”，“rs12765102”，“rs11250286”，
"rs1876899", "rs11250293", "rs4880776", "rs7094850", "rs883660",
"rs4880780", "rs4880487"), row.names = c(NA, -10L), class = c("tbl_df",
"tbl", "data.frame"))
我想为这两个数据集绘制一个重叠的文图。
这就是我所做的：
venn.diagram(
x = list(rsid_en_vcf,en_Brain_Cortex7),
category.names = c("elasticnet_model","rsid_vcf"),
filename = 'venn_diagramm.png',
output=TRUE
)
但是报错：
错误：
！必须使用有效的下标向量对行进行子集化。
i 逻辑下标必须匹配索引输入的大小。
x 输入的大小为 157608，但下标 !duplicated(x, fromLast = fromLast, ...) 的大小为 0.
帮助页面说 x 参数的输入应该是向量列表。你的 x 是一个向量和一个 data.frame.
这成功了：
library(VennDiagram)
venn.diagram(
+ x = list(rsid_en_vcf,en_Brain_Cortex7$RSID1),
+ category.names = c("elasticnet_model","rsid_vcf"),
+ filename = 'venn_diagramm.png',
+ output=TRUE
+ )
[1] 1
图像文件是 png 类型，但大小为 36 MB，因此拒绝上传。
Your image is too large to upload (over 2 MiB).
将分辨率更改为 72 并将 ht 和宽度更改为 700 我得到：
我想绘制两个数据集之间的重叠部分。
我的第一个数据集是：
我的第二个数据集是：
venn.diagram(
x = list(rsid_en_vcf,en_Brain_Cortex7),
category.names = c("elasticnet_model","rsid_vcf"),
filename = 'venn_diagramm.png',
output=TRUE
)
但是报错：
错误：
！必须使用有效的下标向量对行进行子集化。
i 逻辑下标必须匹配索引输入的大小。
x 输入的大小为 157608，但下标 !duplicated(x, fromLast = fromLast, ...) 的大小为 0.
帮助页面说 x 参数的输入应该是向量列表。你的 x 是一个向量和一个 data.frame.
这成功了：
library(VennDiagram)
venn.diagram(
+ x = list(rsid_en_vcf,en_Brain_Cortex7$RSID1),
+ category.names = c("elasticnet_model","rsid_vcf"),
+ filename = 'venn_diagramm.png',
+ output=TRUE
+ )
[1] 1
图像文件是 png 类型，但大小为 36 MB，因此拒绝上传。
Your image is too large to upload (over 2 MiB).
将分辨率更改为 72 并将 ht 和宽度更改为 700 我得到：