当一列是 R 中的一个因素时如何使用 dist

Question

我正在研究使用照片四边形时相机角度如何影响物种覆盖率，因此有一个数据框，其中第一列是样本，第二列是角度（一个因素），其余列是不同的物种丰度（数字）。它看起来像这样：

df <- data.frame(ID = c(1, 2, 3, 4, 5,6,7,8,9,10,11,12),
                  angle = c('0','0','0','10','10','10','20','20','20','30','30','30'),
                  spec1 = c(0.3,0.2,0.5,0.5,0.8,0.6,0.1,0.5,0.1,0.2,0.5,0.3),
                 spec2 = c(0.2,0.4,0.3,0.5,0.1,0.3,0.3,0,0.7,0.8,0.2,0.6),
                 spec3 = c(0.5,0.3,0.2,0,0.1,0.1,0.6,0.5,0.2,0,0.3,0.1))

我想最终运行使用 adonis 对此进行 PERMANOVA（我以前从未使用过此功能，所以这对我来说是全新的）。我不确定如何使我的数据框纯粹是丰度数据，以便运行 dist 并获得我需要的相异矩阵，而无需摆脱我首先要区分的因素。

我希望这是有道理的 - 谁能帮忙？

Answer 1

只需创建一个新的 table，其中前两列已被删除 - 这是您的社区数据矩阵。然后，当您调用 adonis 时，您可以从指定的 data 中指定您想要的任何预测变量。只需确保您的社区数据矩阵和 data 具有相同的行数。

library(vegan)
community <- df[,3:5]
adonis2(community ~ angle, data=df)

当一列是 R 中的一个因素时如何使用 dist

How to use dist when one column is a factor in R

r

vegan