使用 RDKit 查找分子子结构的相对位置
Finding the relative position of molecular substructures with RDKit
我有一组脂肪酸分子（SMILES 格式），我想在其中找到 C=C 双键的位置。位置含义：计算双键距离第一个碳，即羧基的碳数多少个碳。
例如，对于下面的分子，答案是 5 和 7。（图中的数字表示 RDKit 原子索引）
C(O)(=O)CCCC=CC=CCC
如果直接在微笑字符串上进行简单的正则表达式搜索，解决方案就足够简单了，但事实证明这并不容易，因为微笑字符串中的绝对 C 位置可能不是 'linear'。例如下面的微笑代表同一个分子：
C(C=CCCCC(=O)O)=CCC
有没有办法用RDKit解决这个问题？您可以看到，简单地寻找 C=C 双键子结构和羧基子结构并减去这 2 个的索引是行不通的。您必须以某种方式计算 2 个子结构匹配之间链中的碳数？
借助 RDKit 索引，您可以使用 Chem.GetShortestPath。
对于你的第二个分子：
print(len(Chem.GetShortestPath(mol, 6, 2)))
5
print(len(Chem.GetShortestPath(mol, 6, 0)))
7
我有一组脂肪酸分子（SMILES 格式），我想在其中找到 C=C 双键的位置。位置含义：计算双键距离第一个碳，即羧基的碳数多少个碳。
例如，对于下面的分子，答案是 5 和 7。（图中的数字表示 RDKit 原子索引）
C(O)(=O)CCCC=CC=CCC
如果直接在微笑字符串上进行简单的正则表达式搜索，解决方案就足够简单了，但事实证明这并不容易，因为微笑字符串中的绝对 C 位置可能不是 'linear'。例如下面的微笑代表同一个分子：
C(C=CCCCC(=O)O)=CCC
有没有办法用RDKit解决这个问题？您可以看到，简单地寻找 C=C 双键子结构和羧基子结构并减去这 2 个的索引是行不通的。您必须以某种方式计算 2 个子结构匹配之间链中的碳数？
借助 RDKit 索引，您可以使用 Chem.GetShortestPath。
对于你的第二个分子：
print(len(Chem.GetShortestPath(mol, 6, 2)))
5
print(len(Chem.GetShortestPath(mol, 6, 0)))
7