Python 中的参数类型 rdkit.Chem.rdmolfiles.MolToMolBlock(NoneType)

Question

我正在尝试使用 rdkit python 库将 inchi 转换为 sdf 格式。我运行跟随 python 代码行。

#convert inchi to sdf

def MolFromInchi(id,inchi):
    mol = Chem.MolFromInchi(inchi)
    mol_block = Chem.MolToMolBlock(mol)
    print (id, mol_block)
    print ('$$$$')
    
with open (r'C:/Users/inchi_canonize') as f:                                                                                   
    for line in f:
        lst=line.split(' ')
        elements = [x for x in lst if x]   #remove empty elements and get id (elements[0]) and inchis (elements[1])
        elements[1] = ('\''+elements[1].strip()+'\'')
        id = elements[0]
        inchi = elements[1].rstrip("\n")
        print (inchi)
        MolFromInchi(id,inchi)

输入文件 (inchi_canonize) 具有以下字段。

D08520   InChI=1S/C10H18O2/c1-7-4-5-8(6-9(7)11)10(2,3)12/h4,8-9,11-12H,5-6H2,1-3H3                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
D07548   InChI=1S/C17H25NO4.ClH/c1-20-13-11-15(21-2)17(16(12-13)22-3)14(19)7-6-10-18-8-4-5-9-18;/h11-12H,4-10H2,1-3H3;1H                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            
D10000   (null)

错误如下：

ArgumentError: Python argument types in
    rdkit.Chem.rdmolfiles.MolToMolBlock(NoneType)
did not match C++ signature:
    MolToMolBlock(class RDKit::ROMol mol, bool includeStereo=True, int confId=-1, bool kekulize=True, bool forceV3000=False)

非常感谢任何帮助

Answer 1

问题是elements[1] = ('\''+elements[1].strip()+'\'')。

InChI 已经是一个字符串，您向其添加 '" "'。

您的 InChI 现在 "'InChI=1S/C10H18O2/c1-7-4-5-8(6-9(7)11)10(2,3)12/h4,8-9,11-12H,5-6H2,1-3H3'"

而不是 InChI=1S/C10H18O2/c1-7-4-5-8(6-9(7)11)10(2,3)12/h4,8-9,11-12H,5-6H2,1-3H3。

此外你应该插入一个检查，否则你会尝试将 (null) 转换为 molblock。

顺便说一句，您可以使用 Chem.SDWriter 编写 SDF。

from rdkit import Chem

mols = []
ids = []
inchis = []

with open(r'D:\Z\inchi_canonize.txt') as f:                                                                                   
    for line in f:
        lst=line.split(' ')
        elements = [x for x in lst if x]
        inchi = elements[1].rstrip("\n")
        mol = Chem.MolFromInchi(inchi)
        if mol is not None:
            mols.append(mol)
            ids.append(elements[0])
            inchis.append(inchi)

w = Chem.SDWriter('foo.sdf')

for n in range(len(mols)):
    mols[n].SetProp('_Name', inchis[n]) # set a title line
    mols[n].SetProp('ID', ids[n] ) # set an associated data
    w.write(mols[n])

w.close()

Python 中的参数类型 rdkit.Chem.rdmolfiles.MolToMolBlock(NoneType)

Python argument types in rdkit.Chem.rdmolfiles.MolToMolBlock(NoneType)

python

rdkit