当矩阵不对称时如何在 R 中使用库（circlize）

Question

我正在尝试使用 circlize 库绘制流量图。我的代码在下面，数据集 (i75_from_flow.RData) 在这里：https://drive.google.com/file/d/0B0hTmthiX5dpbFJFc2hfN1Zqd1k/view

library(reshape)
t1 <- cast(i75_from_flow, ORIGFIPS ~ TERMFIPS)
i75_from_flow2<- data.matrix(subset(t1, select=-c(1)))
rownames(i75_from_flow2) <- t1$ORIGFIPS
colnames(i75_from_flow2) <- colnames(i75_from_flow2)

library(circlize)
circos.par(gap.degree = 8)
chordDiagram(i75_from_flow2, grid.col= length(union(rownames(i75_from_flow2),colnames(i75_from_flow2))), directional = TRUE, annotationTrack = "grid",
         preAllocateTracks = list(list(track.height = 0.05),
                                  list(track.height = 0.05)))

circos.trackPlotRegion(track.index = 1, panel.fun = function(x, y) {
xlim = get.cell.meta.data("xlim")
ylim = get.cell.meta.data("ylim")
sector.index = get.cell.meta.data("sector.index")
circos.text(mean(xlim), mean(ylim), sector.index, facing = "inside", niceFacing = TRUE)
}, bg.border = NA)

当我运行上述代码时，在 chordDiagram 和 circos.trackPlotRegion 行之后出现以下错误在代码中。

Error in .CELL.DATA[[1]] : subscript out of bounds

我的目标是获得显示矩阵单元格在 ORIGFIPS 和 TERMFIPS 之间流动的图像。

我的问题是如何解决单元格数据错误问题。矩阵是否应该对称才能使 circlize 正常工作？这种努力并不总是如此。

Answer 1

这是因为 i75_from_flow2 包含 NA 个值。添加以下行：

i75_from_flow2[is.na(i75_from_flow2)] = 0

当矩阵不对称时如何在 R 中使用库（circlize）

How to use library(circlize) in R when matrix is not symmetric

geometry

visualization

r

circlize