SHAP 汇总图和平均值一起显示

Question

为 SHAP summary_plot 使用了以下 Python 代码：

explainer = shap.TreeExplainer(model2)
shap_values = explainer.shap_values(X_sampled)
shap.summary_plot (shap_values, X_sampled, max_display=X_sampled.shape[1])

得到的情节是这样的： Python Plot

而在 R 中，绘图如下所示： R Plot

如何修改我的 Python 脚本以在同一图中包含与每个特征对应的平均值（|SHAP 值|）（就像 R 输出一样）？

Answer 1

除非您愿意修改源代码，否则自定义 SHAP 图有点棘手，但以下内容可以做到：

import xgboost
import shap

X, y = shap.datasets.adult()
model = xgboost.XGBClassifier().fit(X, y)
explainer = shap.TreeExplainer(model, X)
shap_values = explainer(X)
feature_names = [
    a + ": " + str(b) for a,b in zip(X.columns, np.abs(shap_values.values).mean(0).round(2))
]

shap.summary_plot(shap_values, X, max_display=X.shape[1], 
                  feature_names=feature_names)

SHAP 汇总图和平均值一起显示

SHAP Summary Plot and Mean Values displaying together

python

r

machine-learning

shap