R TraMinerR - 为什么 seqformat 抛出错误？

Question

我是 TraMineR 的新手，但我正在尝试检查患者随时间推移用于临床就诊的模式序列。

设置将其从 SPELL 格式转换为 STS 格式后，我的数据如下所示。这里可以看到begin和end变量都是整型变量

> df %>% head(20)
# A tibble: 20 x 6
      id index begin   end status   status_1
   <int> <int> <int> <int> <fct>       <int>
 1     1     1     1     1 Video           3
 2     1     2     2     2 Video           3
 3     2     1     1     1 Phone           2
 4     2     2     2     2 Phone           2
 5     2     3     3     3 Phone           2
 6     3     1     1     1 Video           3
 7     4     1     1     1 Video           3
 8     5     1     1     1 Phone           2
 9     6     1     1     1 Video           3
10     6     2     2     2 Video           3
11     6     3     3     3 Video           3
12     6     4     4     4 Video           3
13     6     5     5     5 Video           3
14     7     1     1     1 Phone           2
15     7     2     2     2 Phone           2
16     8     1     1     1 Video           3
17     9     1     1     1 Phone           2
18    10     1     1     1 Phone           2
19    10     2     2     2 Phone           2
20    10     3     3     3 InPerson        1

使用 skimr 中的 skim() 快速查看，我们还可以看到变量类型并且没有丢失数据。

> df %>% skimr::skim()
-- Data Summary ------------------------
                           Values    
Name                       Piped data
Number of rows             4530      
Number of columns          6         
_______________________              
Column type frequency:               
  factor                   1         
  numeric                  5         
________________________             
Group variables            None      

-- Variable type: factor ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
# A tibble: 1 x 6
  skim_variable n_missing complete_rate ordered n_unique top_counts                    
* <chr>             <int>         <dbl> <lgl>      <int> <chr>                         
1 status                0             1 FALSE          3 Pho: 2496, Vid: 1864, InP: 170

-- Variable type: numeric ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
# A tibble: 5 x 11
  skim_variable n_missing complete_rate    mean      sd    p0   p25   p50   p75  p100 hist 
* <chr>             <int>         <dbl>   <dbl>   <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <chr>
1 id                    0             1 1203.   702.        1   584  1207  1817  2426 ▇▇▇▇▇
2 index                 0             1    1.86   1.24      1     1     1     2    11 ▇▁▁▁▁
3 begin                 0             1    1.86   1.24      1     1     1     2    11 ▇▁▁▁▁
4 end                   0             1    1.86   1.24      1     1     1     2    11 ▇▁▁▁▁
5 status_1              0             1    2.37   0.556     1     2     2     3     3 ▁▁▇▁▆

但是，当我尝试使用 seqformat 将我的数据从 SPELL 转换为状态序列时，使用以下代码：

df_sts <- seqformat(df, id = "id", begin = "begin", end = "end", status = "status_1", from = "SPELL", to = "STS", process = FALSE)

我收到这个错误：

Error in is.wholenumber(c(endcolumn, begincolumn)) : 
  'list' object cannot be coerced to type 'integer'

我正在尝试按照 TraMineR 用户指南中概述的步骤进行操作，但我真的不确定这个错误是从哪里来的，因为开始和结束变量都是整数...有人可以帮助我理解什么问题出在这里，如何解决“错误”？

Answer 1

TraMineR 似乎不能很好地处理 tibbles。将数据声明为数据框应该可以解决问题。

df2 <- as.data.frame(df)

我检查了TraMineR的代码，找到了错误的原因。 Tibbles 和数据框在提取单个变量时表现不同。当使用 data.frame 执行此操作时，我们获得一个向量，在 tibble 的情况下，提取的列仍然是 class tibble。

library(tidyverse)

df <- tribble(
  ~id, ~index, ~begin, ~end, ~status, ~status_1, 
  1, 1, 1, 1, "Video", 3,
  1, 2, 2, 2, "Video", 3,
  2, 1, 1, 1, "Phone", 2,
  2, 2, 2, 2, "Phone", 2,
  2, 3, 3, 3, "Phone", 2,
  3, 1, 1, 1, "Video", 3,
  4, 1, 1, 1, "Video", 3,
  5, 1, 1, 1, "Phone", 2,
  6, 1, 1, 1, "Video", 3,
  6, 2, 2, 2, "Video", 3,
  6, 3, 3, 3, "Video", 3,
  6, 4, 4, 4, "Video", 3,
  6, 5, 5, 5, "Video", 3) |> 
  mutate(status = factor(status))

# Subsetting a tibble
c(df[,3],df[,4])
$begin
[1] 1 2 1 2 3 1 1 1 1 2 3 4 5

$end
[1] 1 2 1 2 3 1 1 1 1 2 3 4 5

# Subsetting a data.frame
c(df2[,3],df2[,4])
[1] 1 2 1 2 3 1 1 1 1 2 3 4 5 1 2 1 2 3 1 1 1 1 2 3 4 5

is.wholenumber <- function(x){as.integer(x) == x}

# tibble --> error 
all(is.wholenumber(c(df[,3],df[,4])))

Error in is.wholenumber(c(df[, 3], df[, 4])) : 
  'list' object cannot be coerced to type 'integer'

# data.frame -> works as expected
all(is.wholenumber(c(df2[,3],df2[,4])))
[1] TRUE

R TraMinerR - 为什么 seqformat 抛出错误？

R TraMinerR - why is seqformat throwing error?

r

traminer