Jupyter 卡在 docker 容器中

Jupyter get stuck in docker container

我创建了一个 jupyter_lab docker,通常它工作得很好,但有时会卡住。通常我永远无法重现这个问题,但现在,显然他完全不喜欢这个文件 (https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/mm39/bigZips/genes/refGene.gtf.gz)。使用 R,一旦我

gtf=read.table("refGene.gtf",header=TRUE,sep="\t")

看起来一切都加载正常,但如果我在另一个单元格中调用

print(gtf)  

它只是卡在那里。奇怪的是,即使我让他打印任何其他东西而不是打印 gtf 变量,它也会卡住。另外,如果我放在同一个单元格中

gtf=read.table("refGene.gtf",header=TRUE,sep="\t") 打印(gtf)

它工作正常,但我不能再使用其他单元格了。 如果我将 /bin/bash 执行到同一个打开的 docker 中并卡住 jupyterlab 并且我用终端打开 R 并执行相同的任务我没有任何问题,所以看起来是细胞 jupyter 实验室问题.

我找到问题了。 @lckr/jupyterlab_variableinspector 用大数据减慢一切。只需删除它,一切都会恢复正常。