（实时）使用pyvips查看大图

Question

我最近发现了很棒的 pyvips 包，并想用它来分析在自制幻灯片扫描仪（不是我制作的）上获取的数据。我沿着方形样本的边缘扫描了大约 4000 个 1024x1024 像素的图块（未记录样本的中心部分）。所有图块都保存为一个二进制文件。我写了一个 python class returns 所需的图块作为二进制文件中的 numpy 数组，它还给出了 (x, y) 特定图块的坐标。不幸的是，瓷砖没有排列在网格上。

我首先确定完整图像的总宽度和高度，并初始化正确大小的黑色图像，然后使用插入功能将图块放置在正确的位置。合成图像大约为 120k x 120k 像素，但图像的大部分是空的。最后，我使用 matplotlib 绘制生成的图像。

import pyvips
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

# class to read tiles from data file
sr = TileReader("path_to_scan_file")

# some stuff to determine the width and height of the total image...

# create empty image for inserting tiles
im = pyvips.Image.black(width, height)

# loop over all tiles and place tile at correct position
for i in range(sr.num_tiles()):
    frame, coord = sr.ReadFrame(i)
    tile = pyvips.Image.new_from_array(frame)
    im = im.insert(tile, coord[0], coord[1])

# plot result
plt.imshow(im.numpy())
plt.show()
# save file
im.write_to_file('full_image.tiff')

在循环中生成完整图像似乎非常快。但是，绘制或保存数据不是。（显然，）绘图仅适用于少量的图块（~10）。我还尝试将数据保存为金字塔形 tiff。但是，写入图像需要几个小时，生成的文件似乎已损坏或太大而无法打开。不幸的是，没有管理员权限我无法安装 nip2。

我希望能够手动 select 合成图像的感兴趣区域，我可以将其用于进一步处理。与生成的图像交互以启用此功能的 best/fastest 方式是什么？

Answer 1

您可以使用 crop 剪下一大块图像并将其传递给其他东西。它不会做全部，它只会渲染你需要的部分，所以它会很快。

类似于：

# loop over all tiles and place at correct position
# do this once on startup
for i in range(sr.num_tiles()):
    frame, coord = sr.ReadFrame(i)
    tile = pyvips.Image.new_from_array(frame)
    im = im.insert(tile, coord[0], coord[1])

# left, top, width, height
# hook these numbers up to eg. a scrollbar
# do the crop again for each scrollbar movement
tile = im.crop(0, 0, 1000, 1000)

# plot result
plt.imshow(tile.numpy())
plt.show()

如果你想花哨，最好的解决方案可能是 vips_sink_screen():

https://www.libvips.org/API/current/libvips-generate.html#vips-sink-screen

这将允许您在平移和缩放时从任何管道异步生成像素，但遗憾的是它需要 C。这里有一个使用此 API 的图像查看器示例：

https://github.com/jcupitt/vipsdisp

那是运行 vips_sink_screen() 在后台生成各种比例的 GPU 纹理，然后在平移和缩放时使用该组纹理以 60 fps (ish) 的速度绘制屏幕。它可以非常快速地显示巨大动态计算的图像。

（实时）使用pyvips查看大图

(Live) viewing of large images using pyvips

python

vips