跨多个方面注释 ggplot2

Question

我最近开始使用 ggh4x 包中的 facet_nested 函数，我非常喜欢嵌套轴的外观。我想注释情节以显示我拥有的统计数据运行。我创建了一个虚拟数据集来说明我的问题。

library(tidyverse)
library(markdown)
library(ggtext)
library(ggh4x)


df <- data.frame(pretreatment = c("10NA", "10NA","10NA", "NT", "NT", "NT"),
                 timepoint = c("0 h", "6 h","6 h", "0 h", "6 h", "6 h"),
                 treatment = c("baseline", "10NA", "NT","baseline", "10NA", "NT"),
                 mean_copy_no = c(1000, 1500, 1200, 600, 700, 400), 
                 sample_id = c(1, 2, 3, 4, 5, 6))

df %>%
  ggplot(aes(x=sample_id, y = mean_copy_no, fill = treatment)) +
  geom_col(colour = "black") +
  facet_nested(.~ pretreatment + timepoint + treatment, scales = "free", nest_line = TRUE, switch = "x") +
  ylim(0,2000) +
  theme_bw() +
  theme(strip.text.x = element_text(size = unit(10, "pt")),
        legend.position = "none",
        axis.title.y = element_markdown(size = unit(13, "pt")),
        axis.text.y = element_text(size = 11),
        axis.text.x = element_blank(),
        axis.title.x = element_blank(),
        axis.ticks.x = element_blank(),
        strip.text = element_markdown(size = unit(12, "pt")),
        strip.background = element_blank(),
        panel.spacing.x = unit(0.05,"line"),
        panel.grid.major.x = element_blank(),
        panel.grid.minor.x = element_blank(),
        panel.border = element_blank())

这会生成以下图。

现在我的问题是，每个条形图都位于其自己的方面内，而不是全部位于一个 x 轴上（如果您运行没有主题的代码，它会显示得更清楚）。

我已经画出了我想要的情节。

我想添加线条和星号来表示显着差异。

我可以轻松地添加星星，但是我很难添加线条，而且我知道这甚至可能是不可能的，因为我正在使用构面来生成情节。我只是想 post 这个问题，看看是否有人对如何在 R 中做到这一点有任何建议。或者是否有一种方法可以在不使用分面的情况下实现嵌套外观。

*为清晰起见进行了编辑。

Answer 1

一种选择是在创建 ggplot 对象后使用 cowplot，我们可以在其中添加线条和文本。

library(ggplot2)
library(cowplot)

results <- df %>%
  ggplot(aes(x=sample_id, y = mean_copy_no, fill = treatment)) +
  geom_col(colour = "black") +
  facet_nested(.~ pretreatment + timepoint + treatment, scales = "free", nest_line = TRUE, switch = "x") +
  ylim(0,2000) +
  theme_bw() +
  theme(strip.text.x = element_text(size = unit(10, "pt")),
        legend.position = "none",
        axis.title.y = element_markdown(size = unit(13, "pt")),
        axis.text.y = element_text(size = 11),
        axis.text.x = element_blank(),
        axis.title.x = element_blank(),
        axis.ticks.x = element_blank(),
        strip.text = element_markdown(size = unit(12, "pt")),
        strip.background = element_blank(),
        panel.spacing.x = unit(0.05,"line"),
        panel.grid.major.x = element_blank(),
        panel.grid.minor.x = element_blank(),
        panel.border = element_blank())


ggdraw(results) +
  draw_line(
    x = c(0.07, 0.36),
    y = c(0.84, 0.84),
    color = "black", size = 1
  ) +
  annotate("text", x = 0.215, y = 0.85, label = "*", size = 15) +
  draw_line(
    x = c(0.7, 0.98),
    y = c(0.55, 0.55),
    color = "black", size = 1
  ) +
  annotate("text", x = 0.84, y = 0.56, label = "**", size = 15)

输出

跨多个方面注释 ggplot2

Annotate ggplot2 across multiple facets

r

ggplot2

tidyverse

facet