从字符向量中创建函数的参数列表

Question

我正在制作一个 ComplexHeatmap，我想显示与原始数据中的信息列相对应的多行注释（即 rowAnnotation 函数内的多个命名参数）。我现在在做什么，有7列信息：

library(ComplexHeatmap)


# sample dataframe
EF_data <- data.frame(Package = sample(1:10, 10),
                      Information = sample(1:10, 10),
                      Atoms = sample(1:10, 10),
                      Measure = sample(1:10, 10),
                      Filter = sample(1:10, 10),
                      Analysis = sample(1:10, 10),
                      Averaging = sample(1:10, 10))


# what i'm doing now
left_an_gp <- gpar(fontsize = 8)

left_an = rowAnnotation(Package = anno_text(EF_data$Package, gp = left_an_gp),
                        Information = anno_text(EF_data$Information, gp = left_an_gp),
                        Atoms = anno_text(EF_data$Atoms, gp = left_an_gp),
                        Measure = anno_text(EF_data$Measure, gp = left_an_gp),
                        Filter = anno_text(EF_data$Filter, gp = left_an_gp),
                        Analysis = anno_text(EF_data$Analysis, gp = left_an_gp),
                        Averaging = anno_text(EF_data$Averaging, gp = left_an_gp),
                        gap = unit(0.5, "mm"))

# and then draw the heatmap with the data from a matrix etc

我想要做的是使用例如 columns(EF_data) 字符向量生成 rowAnnotation。 rowAnnotate 中的每个参数都是相同的，除了它的名称和 $ 之后的列的名称，所以我想知道是否有更压缩的方法来执行此操作。我曾尝试寻找一种方法，但我想我没有使用正确的术语来找到一种方法。

我想应该是这样的：

apply(
  eval(
    "{} = anno_text(EF_data${}, gp = left_an_gp)"
    ), 
  columns(EF_data)
)

但我什至不知道如何开始尝试正确地做到这一点。

Answer 1

您无需求助于解析和评估文本。相反，您可以使用 lapply 构建调用的参数并使用 do.call

调用函数

args <- lapply(EF_data, function(x) row_anno_text(x, gp = left_an_gp))
args <- setNames(args, names(EF_data))
args$gap <- unit(0.5, "mm")
left_an <- do.call(rowAnnotation, args)

left_an
#> A HeatmapAnnotation object with 7 annotations
#>   name: heatmap_annotation_0 
#>   position: row 
#>   items: 10 
#>   width: 24.9681777777778mm 
#>   height: 1npc 
#>   this object is subsettable
#> 
#>         name annotation_type color_mapping              width
#>      Package     anno_text()               3.13831111111111mm
#>  Information     anno_text()               3.13831111111111mm
#>        Atoms     anno_text()               3.13831111111111mm
#>      Measure     anno_text()               3.13831111111111mm
#>       Filter     anno_text()               3.13831111111111mm
#>     Analysis     anno_text()               3.13831111111111mm
#>    Averaging     anno_text()               3.13831111111111mm

^{由 reprex package (v2.0.1)}

于 2022-05-09 创建

从字符向量中创建函数的参数列表

Make a list of arguments for a function from a character vector

eval

r

lapply

tidyverse

complexheatmap