将 R 与 AMD BLIS 库链接(在 Ubuntu 中)
Linking R with AMD BLIS Library (in Ubuntu)
我想 link 带有 R 的 AMD BLIS 库执行一些 benchmarking/profiling。似乎 R 不需要专门针对其他 BLAS 实现进行编译。例如,只需安装其他 BLAS 库(OpenBLAS、Intel MKL、Atlas),并且可以通过 update-alternatives
轻松更改正在使用的 BLAS 实现。例如,此网页介绍了几个 BLAS 实现:
https://csantill.github.io/RPerformanceWBLAS/
R中使用的BLAS库可以通过sessionInfo()
验证。但是,BLIS 库不是通过 update-alternatives
安装后出现的选项。我在任何地方都找不到 linking AMD BLIS with R 的指南。我能找到的唯一提到它的其他 post 并没有解释它是如何实现的:
R performance on Ryzen+Ubuntu: openBLAS/MKL, Rcpp and other improvements?
我正在开发 AMD Ryzen threadripper 3990x 64 核处理器 × 128,我想看看 BLIS 库相对于其他选项的性能如何。在 linking R 与 BLIS 方面的任何帮助,我们将不胜感激。
我 运行 上周遇到了和你一样的问题。据我了解,R 需要使用 BLIS 进行编译。我做了这样的配置步骤:./configure --with-blas="-lblis -I{PATH_TO_BLIS}/include -L{PATH_TO_BLIS/lib" --with-lapack="llapack"
。我认为有必要指定 -with-lapack="llapack"
,因为 BLIS 不包含 LAPACK 实现。
我想 link 带有 R 的 AMD BLIS 库执行一些 benchmarking/profiling。似乎 R 不需要专门针对其他 BLAS 实现进行编译。例如,只需安装其他 BLAS 库(OpenBLAS、Intel MKL、Atlas),并且可以通过 update-alternatives
轻松更改正在使用的 BLAS 实现。例如,此网页介绍了几个 BLAS 实现:
https://csantill.github.io/RPerformanceWBLAS/
R中使用的BLAS库可以通过sessionInfo()
验证。但是,BLIS 库不是通过 update-alternatives
安装后出现的选项。我在任何地方都找不到 linking AMD BLIS with R 的指南。我能找到的唯一提到它的其他 post 并没有解释它是如何实现的:
R performance on Ryzen+Ubuntu: openBLAS/MKL, Rcpp and other improvements?
我正在开发 AMD Ryzen threadripper 3990x 64 核处理器 × 128,我想看看 BLIS 库相对于其他选项的性能如何。在 linking R 与 BLIS 方面的任何帮助,我们将不胜感激。
我 运行 上周遇到了和你一样的问题。据我了解,R 需要使用 BLIS 进行编译。我做了这样的配置步骤:./configure --with-blas="-lblis -I{PATH_TO_BLIS}/include -L{PATH_TO_BLIS/lib" --with-lapack="llapack"
。我认为有必要指定 -with-lapack="llapack"
,因为 BLIS 不包含 LAPACK 实现。