如何在 nextflow 上设置 tmp 磁盘变量

Question

我想将 tmp 磁盘值添加到我的 nextflow 进程中。

CPU 和内存要求已设置，但如何添加 tmp 磁盘值？数据对于调度程序 (slurm) select 一个合适的节点很重要。

下一个流程头云是：

process TEST {
  echo true
  cpus '8'
  memory '40 GB'
  script:
    """
    """
}

此值在 slurm tmp 磁盘中调用，可通过 squeue -o "%C %m %d"、列 MIN_TMP_DISK 查看。

如有遗漏，请告知。

谢谢

Answer 1

您可以使用 clusterOptions process directive with the SLURM executor. From the sbatch 文档，看起来您正在寻找 --tmp 选项：

--tmp=[units]

Specify a minimum amount of temporary disk space per node. Default units are megabytes. Different units can be specified using the suffix [K|M|G|T].

例如：

process TEST {

    debug true

    clusterOptions '--tmp=1T'

    cpus 8
    memory 40.GB

    """
    echo "Hello world"
    """
}

如何在 nextflow 上设置 tmp 磁盘变量

how to set tmp disk variable on nextflow

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