如何在管道中将 BAM 转换为 FASTQ 以进行分析，然后删除生成的 fastq？

Question

抱歉这个问题，但我是一名没有太多编程经验的生物信息学家，我不知道如何解决它。

我在服务器目录中有几个 bam 文件。我想用 grep 计算 bam 和相应的 fastq 文件中出现的次数，但是由于缺少 space，我还需要在分析后删除每个 fastq 文件。

为了计算 BAM 中出现的次数，我尝试了这个（但欢迎任何建议）：

for i in *bam* ; do
    echo $i >> TELO_BAM
    grep 'TTAGGG' $i |
    wc -l >> TELO_BAM 
done

如您所见，我还想将文件名和计数放在 txt 文件中。

现在，为了计算 fastq 中的数字，我尝试了这个，但我不知道如何在完成计数后立即删除 fastq（所以它不会占用 space):

for i in *bam*; do
    samtools bam2fq $i >> $i\.fq |
    echo $i >> TELO_FQ
    grep 'TTAGGG' $i >> TELO_FQ
done

我不知道它是否有效，但我想将 bam 转换为 fastq，将文件名放入文本文件中，计算 fastq 中出现的次数，然后将其删除并转到下一个文件.

Answer 1

grep XXX | wc -l 给出包含 XXX 的行数，而不是出现的次数（除非每行最多包含一次）。
使用 GNU grep -o XXX | wc -l 你将能够计算出现的总数。
在循环中使用>> TELO_XXX是sub-optimal，最好使用文件描述符。
~~你将FastQ文件命名为$i.fq，所以你只需要rm "$i.fq"在使用它之后就可以了。~~不需要创建任何FastQ文件； samtools bam2fq 将其输出写入标准输出，因此您可以直接 grep 它。

这是一个未经测试的代码来说明这一切：

exec 3> TELO_BAM || exit 1
exec 4> TELO_FQ  || exit 1

for bam in *bam*
do
    printf '%s: ' "$bam" 1>&3
    grep -o 'TTAGGG' "$bam" | wc -l 1>&3

    printf '%s: ' "$bam.fq" 1>&4
    samtools bam2fq "$bam" | grep -o 'TTAGGG' | wc -l 1>&4
done

如何在管道中将 BAM 转换为 FASTQ 以进行分析，然后删除生成的 fastq？

How do I convert BAM to FASTQ in pipe to analyze and then remove the fastq generated?

bash

grep

pipe