更新中间文件时防止规则重新运行

Question

假设我的 snakemake 文件中有两个规则

第一条规则获取远程文件并制作一个临时本地副本
第二个规则使用本地文件并执行昂贵的任务

现在假设我运行这条管道要完成，我想添加第三条规则并重新运行管道。

第三条规则使用相同的本地文件并执行不同的任务

有什么方法可以运行这个更新的管道而不需要重新运行规则 #2？问题是，当我尝试完成规则 #3 时，规则 #1 被触发，然后规则 #2 想要重新运行因为中间本地文件已更新。

我知道存在使用 touch 或 ancient 等技术，但我不确定它们如何或是否可以在这里应用。有没有办法将规则 #1 专门标记为 not 进行更新？

Answer 1

在 ancient 中包装规则 2 和 3 的输入文件应该可以防止它们对文件更新做出反应。像这样：

rule a:
     output: 'a.txt'
     shell: 'curl some_url > {output}'

rule b:
     input: ancient('a.txt')
     # do something

rule c:
     input: ancient('a.txt')
     # do something

更新中间文件时防止规则重新运行

Prevent rules from rerunning when intermediate file is updated

python

snakemake