计算氨基酸序列biopython的平均值
Calculate the mean of amino acids sequences biopython
我有这段代码可以使用 BioPython 计算 fasta 格式的序列长度。我得到了长度。
NP_418305.1
349
NP_418306.1
469
NP_418308.1
236
但是,现在我想计算整个序列的平均值,就像我可以添加到我的研究中的一个有趣的事实。得到一些建议会很棒。
from Bio import SeqIO
record_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse("aminoacids.txt", "fasta"))
for key in record_dict.items():
print(key[0],"\n ",len(key[1].seq))
我能够通过将每个序列的每个长度相加并除以序列总数来得到总长度的平均值。
我有这段代码可以使用 BioPython 计算 fasta 格式的序列长度。我得到了长度。
NP_418305.1
349
NP_418306.1
469
NP_418308.1
236
但是,现在我想计算整个序列的平均值,就像我可以添加到我的研究中的一个有趣的事实。得到一些建议会很棒。
from Bio import SeqIO
record_dict = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse("aminoacids.txt", "fasta"))
for key in record_dict.items():
print(key[0],"\n ",len(key[1].seq))
我能够通过将每个序列的每个长度相加并除以序列总数来得到总长度的平均值。