如何使用函数 ggord 显示分类变量的质心而不是箭头？

Question

我真的不知道如何使用函数 ggord 只显示我的分类变量的质心。如果有人可以帮助我，那就太好了。这是我尝试使用沙丘数据集实现的示例：

    library(vegan)
    library (ggord)
    library(ggplot2)

    ord <- rda(dune~Moisture+ Management+A1,dune.env)
    
#first plot
    plot(ord)

# second plot
    ggord(ord)
#I tried to add the centroids, but somehow the whole plot seems to be differently scaled?

centroids<-ord$CCA$centroids
ggord(ord)+geom_point(aes(centroids[,1],centroids[,2]),pch=4,cex=5,col="black",data=as.data.frame(centroids))

在第一个图中，仅显示水分和管理的质心（而不是箭头）。在 ggord 图中，每个变量都用箭头显示。

为什么这些情节看起来如此不同？轴的刻度完全不同？

Answer 1

这样的方法可行 - 您可以使用 var_sub 参数来保留特定的预测变量（例如，连续的），然后将其他变量绘制在 ggord 对象之上。

library(vegan)
library(ggord)
library(ggplot2)

data(dune)
data(dune.env)
ord <- rda(dune~Moisture+ Management+A1,dune.env)

# get centroids for factors
centroids <- data.frame(ord$CCA$centroids)
centroids$labs <- row.names(centroids)

# retain only continuous predictors, then add factor centroids
ggord(ord, var_sub = 'A1') +
  geom_text(data = centroids, aes(x = RDA1, y = RDA2, label = labs))

如何使用函数 ggord 显示分类变量的质心而不是箭头？

How to display centroids for categorical variables instead of arrows using function ggord?

ggplot2

rda

vegan